当前解析结果
SmilChr08G000812| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000812 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000812 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G000812 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 5982172 - 5984071 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000395 |
|---|---|
| GeneID | 131000395 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000395 |
| 原始查询 | LOC131000395 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF10536 (PMD) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000395 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057782257.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057782257.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782257.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057782257.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057782257.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:5982335 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B92 |
Chr8:5982339 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:5982345 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C5 |
Chr8:5982423 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B94,C5,C55,C61 |
Chr8:5982428 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B91,C53 |
Chr8:5982489 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B10,B15,B42 |
Chr8:5982522 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D9 |
Chr8:5982561 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B42 |
Chr8:5983345 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A3,B110,C18 |
Chr8:5983384 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr8:5983408 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B110,B92,B97,C46,C87 |
Chr8:5983466 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C45,C48 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782257.1PF10536
PMD 3-223 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782257.1 |
Pfam | PF10536 |
PMD | Domain | 3 | 223 | 1.5e-11 | 44.8 | Plant mobile domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。