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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000815

染色体: Chr08 坐标: 5998961-6008544 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000815
名称SmilChr08G000815
描述long chain acyl-CoA synthetase 1-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向5998961 - 6008544 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000398
GeneID131000398
locus_tag-
NCBI NameLOC131000398
原始查询LOC131000398

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述long chain acyl-CoA synthetase 1-like
产物long chain acyl-CoA synthetase 1-like
ArabidopsisAT2G47240 (LACS1)
AMP-dependent synthetase and ligase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819337]
identity=67.1; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0132100 (OsLACS1)
-
identity=63.8; qcov=0.989; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004467 (long-chain fatty acid-CoA ligase activity); GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0006631 (fatty acid metabolic process); GO:0010025 (wax biosynthetic process); GO:0010143 (cutin biosynthetic process); GO:0016020 (membrane)
KEGGsmil00061 (Fatty acid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00071 (Fatty acid degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01212 (Fatty acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04146 (Peroxisome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00501 (AMP-binding)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000398

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057782260.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057782260.1
3 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057782260.1
4 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057782261.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782260.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:5999774 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C6,C80
Chr8:5999776 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C6,C80
Chr8:5999782 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C6,C80
Chr8:5999828 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr8:5999846 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:6000142 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:6000166 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr8:6000440 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B109,B28
Chr8:6000440 A AT 1bp_insertion CDS_variant 2 B109,B28
Chr8:6000590 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D2
Chr8:6000731 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr8:6000948 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782260.1
665 aa
N
1
332
665
AMP-binding
C
PF00501 AMP-binding 70-484 aa
XP_057782261.1
662 aa
N
1
331
662
AMP-binding
C
PF00501 AMP-binding 67-481 aa
XP_057782262.1
662 aa
N
1
331
662
AMP-binding
C
PF00501 AMP-binding 67-481 aa
XP_057782263.1
662 aa
N
1
331
662
AMP-binding
C
PF00501 AMP-binding 67-481 aa
XP_057782264.1
662 aa
N
1
331
662
AMP-binding
C
PF00501 AMP-binding 67-481 aa
XP_057782265.1
662 aa
N
1
331
662
AMP-binding
C
PF00501 AMP-binding 67-481 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782260.1 Pfam PF00501 AMP-binding Family 70 484 9.6e-83 278.8 AMP-binding enzyme
XP_057782261.1 Pfam PF00501 AMP-binding Family 67 481 9.5e-83 278.8 AMP-binding enzyme
XP_057782262.1 Pfam PF00501 AMP-binding Family 67 481 9.5e-83 278.8 AMP-binding enzyme
XP_057782263.1 Pfam PF00501 AMP-binding Family 67 481 9.5e-83 278.8 AMP-binding enzyme
XP_057782264.1 Pfam PF00501 AMP-binding Family 67 481 9.5e-83 278.8 AMP-binding enzyme
XP_057782265.1 Pfam PF00501 AMP-binding Family 67 481 9.5e-83 278.8 AMP-binding enzyme

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XR_009093730.1
ATGACTGCAAGAATCTAGTTGTGCTGGCGCCAAACTTGCGATTTTTTCCAGCTGCCAATCACTGCTTCACTGCATCACTTAATTTCGTAATTTTTAGTATTTGCCACTATATAAAAAAGGCTTCTTCTCCTCCTCCTCCACCAGTCACCACCTTCATCAACAAAAAAGAATATAAAAGAAGAAGGAAAAAAAATATACTATCATTTTTTGCTGCTGCTGTTGTAAGTGGGATTTTCGTATTGTTTCATGAAATGATGAAG...
XR_009093729.1
TGACTGCAAGAATCTAGTTGTGCTGGCGCCAAACTTGCGATTTTTTCCAGCTGCCAATCACTGCTTCACTGCATCACTTAATTTCGTAATTTTTAGTATTTGCCACTATATAAAAAAGGCTTCTTCTCCTCCTCCTCCACCAGTCACCACCTTCATCAACAAAAAAGAATATAAAAGAAGAAGGAAAAAAAATATACTATCATTTTTTGCTGCTGCTGTTGAAATGATGAAGAGATTCGCAGTGGTAGTGGAAGAAGGCA...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131000398
ATGATGGAAATGATGAAGAGATTCGCAGTGGTAGTGGAAGAAGGCAAGAAAGGTCGAGATGGGGAGCTCTCCGTGGGCCCCGTCTACCGGAATCCTCTCTCTGAGCATGGATATTCCCCCATTGAGCCGGAGTCGTCCACTATTTGGAAGATTTTCAGATCATCGGTGGAAAAGCATTCTGGTAATAAGATGCTAGGATGGCGTGAGTTAGTGAATGAGAAGTGGGGGCCTTACAAATGGAAGACTTACAAGGAAGTGTA...
LOC131000398
ATGATGAAGAGATTCGCAGTGGTAGTGGAAGAAGGCAAGAAAGGTCGAGATGGGGAGCTCTCCGTGGGCCCCGTCTACCGGAATCCTCTCTCTGAGCATGGATATTCCCCCATTGAGCCGGAGTCGTCCACTATTTGGAAGATTTTCAGATCATCGGTGGAAAAGCATTCTGGTAATAAGATGCTAGGATGGCGTGAGTTAGTGAATGAGAAGTGGGGGCCTTACAAATGGAAGACTTACAAGGAAGTGTATGAAGAAGT...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057782260.1
MMEMMKRFAVVVEEGKKGRDGELSVGPVYRNPLSEHGYSPIEPESSTIWKIFRSSVEKHSGNKMLGWRELVNEKWGPYKWKTYKEVYEEVLQAGSALRAHGFEPGARVGIYGMNCPQWIVAMEACGAHSLICVPLYDTLGPGAVNYILDHAEIDVVFVQDKKVKQLLNPECVHAQRLKLMVCFTSFTEEQKEKTAATGIKTYSWNEFLNMGKDNPCEISPPEPSSICTIMYTSGTSGDPKGVVLTHENVVTNIKGVDLFM...
XP_057782261.1
MMKRFAVVVEEGKKGRDGELSVGPVYRNPLSEHGYSPIEPESSTIWKIFRSSVEKHSGNKMLGWRELVNEKWGPYKWKTYKEVYEEVLQAGSALRAHGFEPGARVGIYGMNCPQWIVAMEACGAHSLICVPLYDTLGPGAVNYILDHAEIDVVFVQDKKVKQLLNPECVHAQRLKLMVCFTSFTEEQKEKTAATGIKTYSWNEFLNMGKDNPCEISPPEPSSICTIMYTSGTSGDPKGVVLTHENVVTNIKGVDLFMEQF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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