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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000818

染色体: Chr08 坐标: 6033185-6037949 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000818
名称SmilChr08G000818
描述SWR1-complex protein 4
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向6033185 - 6037949 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000400
GeneID131000400
locus_tag-
NCBI NameLOC131000400
原始查询LOC131000400

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述SWR1-complex protein 4
产物SWR1-complex protein 4
ArabidopsisAT2G47210 (AT2G47210)
myb-like transcription factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819334]
identity=66.7; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0540800
-
identity=65; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000122 (negative regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0000812 (Swr1 complex); GO:0003714 (transcription corepressor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006281 (DNA repair); GO:0006338 (chromatin remodeling); GO:0035267 (NuA4 histone acetyltransferase complex); GO:0043967 (GO:0043967); GO:0043968 (GO:0043968)
KEGGsmil03082 (ATP-dependent chromatin remodeling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00249 (Myb_DNA-binding); PF05499 (DMAP1); PF16282 (SANT_DAMP1_like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000400

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057782266.1
2 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057782266.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782266.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782266.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057782266.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:6033529 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B94,C33,C61
Chr8:6033710 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,A14,B105,B48,C3
Chr8:6035124 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B21,B64,C27
Chr8:6035139 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B55,C21,C36
Chr8:6035960 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr8:6035962 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr8:6036395 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B136,B26,C12
Chr8:6036428 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:6037623 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782266.1
463 aa
N
1
232
463
SANT_DAMP1_like
Myb_DNA-binding
DMAP1
C
PF16282 SANT_DAMP1_like 102-176 aa PF00249 Myb_DNA-binding 129-171 aa PF05499 DMAP1 300-393 aa
XP_057782267.1
459 aa
N
1
230
459
SANT_DAMP1_like
Myb_DNA-binding
DMAP1
C
PF16282 SANT_DAMP1_like 102-176 aa PF00249 Myb_DNA-binding 129-171 aa PF05499 DMAP1 300-393 aa
XP_057782268.1
447 aa
N
1
224
447
SANT_DAMP1_like
Myb_DNA-binding
DMAP1
C
PF16282 SANT_DAMP1_like 102-176 aa PF00249 Myb_DNA-binding 129-171 aa PF05499 DMAP1 284-377 aa
XP_057782270.1
443 aa
N
1
222
443
SANT_DAMP1_like
Myb_DNA-binding
DMAP1
C
PF16282 SANT_DAMP1_like 102-176 aa PF00249 Myb_DNA-binding 129-171 aa PF05499 DMAP1 284-377 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782266.1 Pfam PF16282 SANT_DAMP1_like Domain 102 176 1.8e-31 108.9 SANT/Myb-like domain of DAMP1
XP_057782266.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 129 171 1.9e-06 28.6 Myb-like DNA-binding domain
XP_057782266.1 Pfam PF05499 DMAP1 Family 300 393 5.6e-06 27.1 DNA methyltransferase 1-associated protein 1 (DMAP1)
XP_057782267.1 Pfam PF16282 SANT_DAMP1_like Domain 102 176 1.8e-31 108.9 SANT/Myb-like domain of DAMP1
XP_057782267.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 129 171 1.9e-06 28.6 Myb-like DNA-binding domain
XP_057782267.1 Pfam PF05499 DMAP1 Family 300 393 5.6e-06 27.1 DNA methyltransferase 1-associated protein 1 (DMAP1)
XP_057782268.1 Pfam PF16282 SANT_DAMP1_like Domain 102 176 1.8e-31 108.9 SANT/Myb-like domain of DAMP1
XP_057782268.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 129 171 1.8e-06 28.6 Myb-like DNA-binding domain
XP_057782268.1 Pfam PF05499 DMAP1 Family 284 377 5.4e-06 27.1 DNA methyltransferase 1-associated protein 1 (DMAP1)
XP_057782270.1 Pfam PF16282 SANT_DAMP1_like Domain 102 176 1.8e-31 108.9 SANT/Myb-like domain of DAMP1
XP_057782270.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 129 171 1.8e-06 28.7 Myb-like DNA-binding domain
XP_057782270.1 Pfam PF05499 DMAP1 Family 284 377 5.3e-06 27.2 DNA methyltransferase 1-associated protein 1 (DMAP1)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926287.1
GGATAAGATAAACGGTTCGAATTAATCCAAATCGAAATTAAATCCGTTTGATCCCCTCCCAACCTTCGCGCTCGAAAAACCCTAATTCCCCTTATTCGAAGCCCTAATTTTATCGTAATTTCAGATAATTGGACCTCGAATCACCCTTTGTTGCCCAATTTATCCATTCATATACTACTACGTCACGGATTTCGATCATTAATAATCTAATTGCGGGTGGTATCCATTTTGTTGTAAGAATCTCATATCGTTTTTTTGGG...
XM_057926285.1
GGATAAGATAAACGGTTCGAATTAATCCAAATCGAAATTAAATCCGTTTGATCCCCTCCCAACCTTCGCGCTCGAAAAACCCTAATTCCCCTTATTCGAAGCCCTAATTTTATCGTAATTTCAGATAATTGGACCTCGAATCACCCTTTGTTGCCCAATTTATCCATTCATATACTACTACGTCACGGATTTCGATCATTAATAATCTAATTGCGGGTGGTATCCATTTTGTTGTAAGAATCTCATATCGTTTTTTTGGG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131000400
ATGGACGCGAAGGATATATTAGGATTGCCGAAGAATGCACCGAGTATGCAGGAGAAGAAGTCGAAGCCTCCTAAAGAATCTCAGAGGAAACCTGATGGCATTTCGCGCGAGGTTTATGCCCTTACAGGGGGGTTGGCACCTCTGATGCCCGCCATTGATGTTAATCACTTGAAGCGAAAAGTGCAATCCGAAAATGAGAAGATTACTTGGCAATGGCTCCCATTTTCAAATTCTGCCCGGAAAGACAATTTGCAGCTTTA...
LOC131000400
ATGGACGCGAAGGATATATTAGGATTGCCGAAGAATGCACCGAGTATGCAGGAGAAGAAGTCGAAGCCTCCTAAAGAATCTCAGAGGAAACCTGATGGCATTTCGCGCGAGGTTTATGCCCTTACAGGGGGGTTGGCACCTCTGATGCCCGCCATTGATGTTAATCACTTGAAGCGAAAAGTGCAATCCGAAAATGAGAAGATTACTTGGCAATGGCTCCCATTTTCAAATTCTGCCCGGAAAGACAATTTGCAGCTTTA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057782266.1
MDAKDILGLPKNAPSMQEKKSKPPKESQRKPDGISREVYALTGGLAPLMPAIDVNHLKRKVQSENEKITWQWLPFSNSARKDNLQLYHWVRVVNSVPPTGDYSFAKYNKSVDVIKYTDEEYEKHLTDHAWTKEETDQLFDLCERFDLRFVVIADRFPSSKTVEELKDRYYSVSRAILTARAPSPGDVSGHPLVKKYDSFSSPSERCPMMKEPYNASQDTDRKRALNLLLSHTKQQERKDVEVVAHAKRITEARKAIKASQ...
XP_057782267.1
MDAKDILGLPKNAPSMQEKKSKPPKESQRKPDGISREVYALTGGLAPLMPAIDVNHLKRKVQSENEKITWQWLPFSNSARKDNLQLYHWVRVVNSVPPTGDYSFAKYNKSVDVIKYTDEEYEKHLTDHAWTKEETDQLFDLCERFDLRFVVIADRFPSSKTVEELKDRYYSVSRAILTARAPSPGDVSGHPLVKKYDSFSSPSERCPMMKEPYNASQDTDRKRALNLLLSHTKQQERKDVEVVAHAKRITEARKAIKASQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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