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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000834

染色体: Chr08 坐标: 6172508-6174914 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000834
名称SmilChr08G000834
描述mediator of RNA polymerase II transcription subunit 28
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向6172508 - 6174914 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000417
GeneID131000417
locus_tag-
NCBI NameLOC131000417
原始查询LOC131000417

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mediator of RNA polymerase II transcription subunit 28
产物mediator of RNA polymerase II transcription subunit 28
ArabidopsisAT3G52860 (AT3G52860)
mediator of RNA polymerase II transcription subunit-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824452]
identity=70.3; qcov=0.861; evalue=9.53e-53; confidence=high
RiceOs05g0154900 (OsMed28_1)
-
identity=69.5; qcov=0.861; evalue=5.68e-54; confidence=high
GOGO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0016592 (mediator complex)
KEGG-
PfamPF11594 (Med28)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000417

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057782287.1
2 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057782292.1
3 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057782292.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057782287.1
5 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057782292.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:6172799 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,B24
Chr8:6172800 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr8:6172988 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B14
Chr8:6172988 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 B14
Chr8:6173070 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr8:6173597 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A22,C86
Chr8:6173730 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C77
Chr8:6173730 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 C77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782287.1
160 aa
N
1
80
160
Med28
C
PF11594 Med28 27-90 aa
XP_057782288.1
160 aa
N
1
80
160
Med28
C
PF11594 Med28 27-90 aa
XP_057782289.1
160 aa
N
1
80
160
Med28
C
PF11594 Med28 27-90 aa
XP_057782290.1
160 aa
N
1
80
160
Med28
C
PF11594 Med28 27-90 aa
XP_057782291.1
160 aa
N
1
80
160
Med28
C
PF11594 Med28 27-90 aa
XP_057782292.1
137 aa
N
1
68
137
Med28
C
PF11594 Med28 27-123 aa
XP_057782293.1
137 aa
N
1
68
137
Med28
C
PF11594 Med28 27-123 aa
XP_057782294.1
137 aa
N
1
68
137
Med28
C
PF11594 Med28 27-123 aa
XP_057782295.1
137 aa
N
1
68
137
Med28
C
PF11594 Med28 27-123 aa
XP_057782296.1
137 aa
N
1
68
137
Med28
C
PF11594 Med28 27-123 aa
XP_057782298.1
137 aa
N
1
68
137
Med28
C
PF11594 Med28 27-123 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782287.1 Pfam PF11594 Med28 Family 27 90 3.3e-16 60.2 Mediator complex subunit 28
XP_057782288.1 Pfam PF11594 Med28 Family 27 90 3.3e-16 60.2 Mediator complex subunit 28
XP_057782289.1 Pfam PF11594 Med28 Family 27 90 3.3e-16 60.2 Mediator complex subunit 28
XP_057782290.1 Pfam PF11594 Med28 Family 27 90 3.3e-16 60.2 Mediator complex subunit 28
XP_057782291.1 Pfam PF11594 Med28 Family 27 90 3.3e-16 60.2 Mediator complex subunit 28
XP_057782292.1 Pfam PF11594 Med28 Family 27 123 1.5e-20 74.2 Mediator complex subunit 28
XP_057782293.1 Pfam PF11594 Med28 Family 27 123 1.5e-20 74.2 Mediator complex subunit 28
XP_057782294.1 Pfam PF11594 Med28 Family 27 123 1.5e-20 74.2 Mediator complex subunit 28
XP_057782295.1 Pfam PF11594 Med28 Family 27 123 1.5e-20 74.2 Mediator complex subunit 28
XP_057782296.1 Pfam PF11594 Med28 Family 27 123 1.5e-20 74.2 Mediator complex subunit 28
XP_057782298.1 Pfam PF11594 Med28 Family 27 123 1.5e-20 74.2 Mediator complex subunit 28

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

11 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926309.1
TAATTATATTTTATTATTCTAAAATCAAAAACTAAATTGAACCGTACCCAAACTCACGCACACAAGTCACAACACTCAAGAGCTCACACAGCTCACAGCTCTCGCCTCTCCAGCTCCGGTCGCCGTCCGTCTGTCCGTCGCCGCCGCACCGCAGCAGCAGCAGCTCCTCTAGGCTCAAGCCGTCGCTACCCTGCTGCATCGCACCTCTGCTCTTCAGCCATCGCGTCGCTGCCCTGCCGGCAGCCTCGCGCCATCACCGC...
XM_057926311.1
TTATTATTCTAAAATCAAAAACTAAATTGAACCGTACCCAAACTCACGCACACAAGTCACAACACTCAAGAGCTCACACAGCTCACAGCTCTCGCCTCTCCAGCTCCGGTCGCCGTCCGTCTGTCCGTCGCCGCCGCACCGCAGCAGCAGCAGCTCCTCTAGGCTCAAGCCGTCGCTACCCTGCTGCATCGCACCTCTGCTCTTCAGCCATCGCGTCGCTGCCCTGCCGGCAGCCTCGCGCCATCACCGCCGCACCGCAG...

CDS

11 records

下载 CDS FASTA
LOC131000417
ATGGCTGAAAGACCGCCGATCGAGCCTGATCCAGAATTGCAGTCTACTCCTCCTCCGAAGGAAGACATGATCTCCCATGTGATGGCCTTGGAGGCTGCTCTGTTGCCTTGCTTGCCTGCTAGAGAACTTCAAGCAATCGACCGTTCTCCCCATCCTTCTCACCAGATTGATGTTGAGAGGCATGCTAGAGACTTCATGGAGGCAGCCAAGAAGCTTCAGCTCTATTTCATTGGTTTGCAACGAGAGGATCAACCTACCAG...
LOC131000417
ATGGCTGAAAGACCGCCGATCGAGCCTGATCCAGAATTGCAGTCTACTCCTCCTCCGAAGGAAGACATGATCTCCCATGTGATGGCCTTGGAGGCTGCTCTGTTGCCTTGCTTGCCTGCTAGAGAACTTCAAGCAATCGACCGTTCTCCCCATCCTTCTCACCAGATTGATGTTGAGAGGCATGCTAGAGACTTCATGGAGGCAGCCAAGAAGCTTCAGCTCTATTTCATTGGTTTGCAACGAGAGGATCAACCTACCAG...

Protein

11 records

下载 Protein FASTA
XP_057782287.1
MAERPPIEPDPELQSTPPPKEDMISHVMALEAALLPCLPARELQAIDRSPHPSHQIDVERHARDFMEAAKKLQLYFIGLQREDQPTRAETLEKVTYTILVSPMLLIGVHLMAVFVQEIGMMEEEVKVMNEVIKKQERLIEGWTAELKEQLHKHNVELERV
XP_057782288.1
MAERPPIEPDPELQSTPPPKEDMISHVMALEAALLPCLPARELQAIDRSPHPSHQIDVERHARDFMEAAKKLQLYFIGLQREDQPTRAETLEKVTYTILVSPMLLIGVHLMAVFVQEIGMMEEEVKVMNEVIKKQERLIEGWTAELKEQLHKHNVELERV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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