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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004211

染色体: Chr01 坐标: 60544261-60545642 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004211
名称SmilChr01G004211
描述protein NDH-DEPENDENT CYCLIC ELECTRON FLOW 5
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向60544261 - 60545642 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000454
GeneID131000454
locus_tag-
NCBI NameLOC131000454
原始查询LOC131000454

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein NDH-DEPENDENT CYCLIC ELECTRON FLOW 5
产物protein NDH-DEPENDENT CYCLIC ELECTRON FLOW 5
ArabidopsisAT1G55370 (NDF5)
NDH-dependent cyclic electron flow 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841984]
identity=38.6; qcov=0.942; evalue=2.49e-70; confidence=medium
RiceOs03g0748300 (OSJNBa0069E14.14)
-
identity=43.8; qcov=0.991; evalue=6.29e-87; confidence=medium
GOGO:0003824 (catalytic activity); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process); GO:0030246 (carbohydrate binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000454

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057782356.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057782356.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782356.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782356.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782356.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:60544482 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr1:60544528 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C23
Chr1:60544590 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C23
Chr1:60544869 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B126,B63,C11,C43,C69
Chr1:60544947 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr1:60544960 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B27,B7,C47
Chr1:60545360 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr1:60545372 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B90,B92
Chr1:60545401 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10
Chr1:60545502 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,C19,C52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926373.1
CAATATCCATGGCCACCATCTTTAACAGCGGTCTCCCCTTCCCGAGGAATCCTTCTATGGAGAGATGTGGAGTGAGCTTTACAGGTATTGGCGATGGTTGTGTCGTGAGCATGGAACTTGACAACGGCACTGCCGCCAAGCTCATGCTCCCAACTGGTTTGGTCACTTCATTCAAGCCTCAGATGTGGCACGGCGCCACAATGGAGCTGCTGCACACCTCCGTCTCTCAGACCCAAGATGCCGTTGTGCCTCTCATTCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000454
ATGGCCACCATCTTTAACAGCGGTCTCCCCTTCCCGAGGAATCCTTCTATGGAGAGATGTGGAGTGAGCTTTACAGGTATTGGCGATGGTTGTGTCGTGAGCATGGAACTTGACAACGGCACTGCCGCCAAGCTCATGCTCCCAACTGGTTTGGTCACTTCATTCAAGCCTCAGATGTGGCACGGCGCCACAATGGAGCTGCTGCACACCTCCGTCTCTCAGACCCAAGATGCCGTTGTGCCTCTCATTCGAGGAGGCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782356.1
MATIFNSGLPFPRNPSMERCGVSFTGIGDGCVVSMELDNGTAAKLMLPTGLVTSFKPQMWHGATMELLHTSVSQTQDAVVPLIRGGFSLGLACQNDDGFSWSPHAWELHQVTGTPQESIQVELRSTSEQGDVGIKHVITLEKDSFNSQILVSNSTTSSIRLAGSAVCHLAVSTPDATYALGLQGSDYFVSPPFHGNFSIIPPRTTDQYPNKLWPFNKLFPKREDDDINGQVESGEEEDDYKHLTETLSRIYTSAPRSLTI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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