Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000982

染色体: Chr08 坐标: 7367006-7371912 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000982
名称SmilChr08G000982
描述ABC transporter G family member 28-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向7367006 - 7371912 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000520
GeneID131000520
locus_tag-
NCBI NameLOC131000520
原始查询LOC131000520

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ABC transporter G family member 28-like
产物ABC transporter G family member 28-like
ArabidopsisAT5G60740 (ABCG28)
ABC transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836195]
identity=68.4; qcov=0.972; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0416900 (OsABCG28)
-
identity=63.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0140359 (ABC-type transporter activity)
KEGG-
PfamPF00005 (ABC_tran); PF19055 (ABC2_membrane_7)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000520

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057782459.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782459.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782459.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782459.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057782459.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:7367245 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B125
Chr8:7367245 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B125
Chr8:7367783 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr8:7368162 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,B122,B24
Chr8:7368644 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B3,B63,C78,D3
Chr8:7368722 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B3,B63,C78,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782459.1
1108 aa
N
1
554
1108
ABC_tran
ABC2_membrane_7
C
PF00005 ABC_tran 523-672 aa PF19055 ABC2_membrane_7 701-1108 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782459.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 523 672 2.8e-25 90.2 ABC transporter
XP_057782459.1 Pfam PF19055 ABC2_membrane_7 Family 701 1108 7.3e-216 717.5 ABC-2 type transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926476.1
CCCTCTCTCTCTCTCTCTAGAAAAAACAGAAACCAAGGAAGAAGACGATTTTGTTGAATCTTCGCAAAACAAATGAGAATGACACGATGCTTGAAATGAGAATATTGTCGTCGGCGATAACACTCACGCTAATCCTTCAAACAATATGGCGGGTGAGCCACGCGCAACCGCAACCACAACCAACACCACAAGACCCCGCCGCCGCCGCCGCCGCTGCCGCCGATAACCCGGCGGCCATGCAGCTGCTCTCCAAGACCATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000520
ATGCTTGAAATGAGAATATTGTCGTCGGCGATAACACTCACGCTAATCCTTCAAACAATATGGCGGGTGAGCCACGCGCAACCGCAACCACAACCAACACCACAAGACCCCGCCGCCGCCGCCGCCGCTGCCGCCGATAACCCGGCGGCCATGCAGCTGCTCTCCAAGACCATGTTCAACCGCTTCAACAATTTCTCCGCCTTCTTGGGCCCCGATGCCAAGAAGCATCTCGGCTTCTGCATCAGAGATATGGACGCTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782459.1
MLEMRILSSAITLTLILQTIWRVSHAQPQPQPTPQDPAAAAAAAADNPAAMQLLSKTMFNRFNNFSAFLGPDAKKHLGFCIRDMDAEWDKAFNFSKNTQFLAECVRGDKDAMQRLCTAAEVKFYGQSLLGGGGGGLRSSYYLRPNKNCNLTAWPAGCEPGWACNVKKEDNVDIKNDKEIPERVLDCQPCCPGFFCPHGLTCMIPCPLGAYCPRAQLNQATGVCDPYRYQLPPGQANHSCGGADIWSDFNTGYELFCSGGF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器