当前解析结果
SmilChr08G001025| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001025 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001025 |
| 描述 | ABC transporter G family member 28-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 7797881 - 7802854 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000521 |
|---|---|
| GeneID | 131000521 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000521 |
| 原始查询 | LOC131000521 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ABC transporter G family member 28-like |
| 产物 | ABC transporter G family member 28-like |
| Arabidopsis | AT5G60740 (ABCG28)ABC transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836195] identity=68.4; qcov=0.972; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os11g0416900 (OsABCG28)- identity=63.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005524 (ATP binding); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0140359 (ABC-type transporter activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00005 (ABC_tran); PF19055 (ABC2_membrane_7) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000521 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057782460.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057782460.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782460.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782460.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057782460.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:7798057 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B35,B94 |
Chr8:7799248 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B83 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782460.1PF00005
ABC_tran 523-672 aa
PF19055
ABC2_membrane_7 701-1108 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782460.1 |
Pfam | PF00005 |
ABC_tran | Domain | 523 | 672 | 2.8e-25 | 90.2 | ABC transporter |
XP_057782460.1 |
Pfam | PF19055 |
ABC2_membrane_7 | Family | 701 | 1108 | 7.3e-216 | 717.5 | ABC-2 type transporter |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。