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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004222`

染色体: Chr01 坐标: 60582237-60583553 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004222`
名称	SmilChr01G004222
描述	thioredoxin-like 3-1, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	60582237 - 60583553 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000538`
GeneID	`131000538`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000538`
原始查询	`LOC131000538`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	thioredoxin-like 3-1, chloroplastic
产物	thioredoxin-like 3-1%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT5G06690` (WCRKC1) WCRKC thioredoxin 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830558] identity=53; qcov=1; evalue=4.08e-70; confidence=high
Rice	`Os02g0819200` - identity=58.5; qcov=0.641; evalue=2.27e-46; confidence=medium
GO	GO:0009570 (chloroplast stroma)
KEGG	-
Pfam	PF00085 (Thioredoxin)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000538

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057782497.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057782497.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057782497.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782497.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057782497.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:60582669`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr1:60583183`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,C77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782497.1

188 aa

188

Thioredoxin

PF00085 Thioredoxin 78-170 aa

XP_057782505.1

184 aa

184

Thioredoxin

PF00085 Thioredoxin 78-169 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782497.1`	Pfam	`PF00085`	Thioredoxin	Domain	78	170	4.4e-11	43.4	Thioredoxin
`XP_057782505.1`	Pfam	`PF00085`	Thioredoxin	Domain	78	169	1e-17	64.7	Thioredoxin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926522.1
AAATTAGATAAAGTGAGAGATATTTGATACTACTTCGTTTTGCATAAAAATCTTATCTTTATTTTGGCAGCCTCTGTTTTTCTTTCTTGGCGAAACGAAAGAATAGATTGATAAACATGTCAATTTTGTCACCAAATTCACACATTCTGTACAGAGAAATCCACCAAAAGGAGGCGCAGCAGCAGTTGTGGAGCAGTTCGATCTGGGTGAAACAAAACGGGTCCGGGTTGGGGTTGGATCGGAGCAGAAATGAGTGGAGA...

XM_057926514.1
AAATTAGATAAAGTGAGAGATATTTGATACTACTTCGTTTTGCATAAAAATCTTATCTTTATTTTGGCAGCCTCTGTTTTTCTTTCTTGGCGAAACGAAAGAATAGATTGATAAACATGTCAATTTTGTCACCAAATTCACACATTCTGTACAGAGAAATCCACCAAAAGGAGGCGCAGCAGCAGTTGTGGAGCAGTTCGATCTGGGTGAAACAAAACGGGTCCGGGTTGGGGTTGGATCGGAGCAGAAATGAGTGGAGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131000538
ATGTCAATTTTGTCACCAAATTCACACATTCTGTACAGAGAAATCCACCAAAAGGAGGCGCAGCAGCAGTTGTGGAGCAGTTCGATCTGGGTGAAACAAAACGGGTCCGGGTTGGGGTTGGATCGGAGCAGAAATGAGTGGAGAAAACGAGCAAAGAGAGATTTGAGGGCTTGCGCGTTTTGGCCTGAATTGTCTAAGCCTTCATCTGTGGAGATGGAGCCCATTCAAGATACCGACCACTTTGATCGGATTTTGGAGTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057782497.1
MSILSPNSHILYREIHQKEAQQQLWSSSIWVKQNGSGLGLDRSRNEWRKRAKRDLRACAFWPELSKPSSVEMEPIQDTDHFDRILESAKELSQPVLVDWMAAWCRKCIFLKPKLEKLAAEFDTKVTFYYVDVNKVPQSLVKRGNVSVCEMHFDFHHLWKDGEMKAEVIGGHKAWLVIEEVREMIHQFE

XP_057782505.1
MSILSPNSHILYREIHQKEAQQQLWSSSIWVKQNGSGLGLDRSRNEWRKRAKRDLRACAFWPELSKPSSVEMEPIQDTDHFDRILESAKELSQPVLVDWMAAWCRKCIFLKPKLEKLAAEFDTKVTFYYVDVNKVPQSLVKRGNVSKMPTIQLWKDGEMKAEVIGGHKAWLVIEEVREMIHQFE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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