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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000972

染色体: Chr08 坐标: 7231216-7236684 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000972
名称SmilChr08G000972
描述ABC transporter G family member 3
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向7231216 - 7236684 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000540
GeneID131000540
locus_tag-
NCBI NameLOC131000540
原始查询LOC131000540

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ABC transporter G family member 3
产物ABC transporter G family member 3
ArabidopsisAT2G28070 (ABCG3)
ABC-2 type transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817351]
identity=78.5; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0859500 (OsABCG7)
-
identity=63.1; qcov=0.957; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0016020 (membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0140359 (ABC-type transporter activity)
KEGG-
PfamPF00005 (ABC_tran); PF01061 (ABC2_membrane)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000540

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057782496.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 1.00000 XP_057782496.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057782496.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782496.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782496.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:7231390 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B84
Chr8:7231390 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr8:7231466 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C25
Chr8:7232161 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B88,C48,D1
Chr8:7232847 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B8,C27,C57,C84
Chr8:7234417 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B91,C24,C53
Chr8:7234554 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C18,D11
Chr8:7234584 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B91,C24,C53
Chr8:7235197 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B91,C24,C53
Chr8:7235198 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,B36
Chr8:7235253 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B91,C24,C53
Chr8:7235450 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782496.1
724 aa
N
1
362
724
ABC_tran
ABC2_membrane
C
PF00005 ABC_tran 132-276 aa PF01061 ABC2_membrane 436-646 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782496.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 132 276 8.8e-17 62.7 ABC transporter
XP_057782496.1 Pfam PF01061 ABC2_membrane Domain 436 646 5.3e-29 102.0 ABC-2 type transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926513.1
AACTTTAATGGTGTTACATCAATCTCTCCAAAAACTTTAGGACTGAAACAAAACAAAAACATAAGTGGAAGCGAACAAAAGGCATGATGCCCGGAATAAAAGAGGGGCCAAACATTAGTATTTCAATCTTTAATTTTATTTTTTAATGGAGATGTTTCAAATTTTCAAATCCATTTTAAAGTAGCAGCTAAATTACCCATCAGAAGATTAAGTGTGTGCGTCACTTTTTCTCTCTGCTTCTTGTCTCTTTTTGCTCGTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000540
ATGGAAGAAATACAGTCTCAATCGGATCACTATAGGTCCTCATCGTCTTCAGCTAGTAGCCCAGCAAGTAGAGTGCCTTCAAGCAATTTCTTCTACTTAAGAAAACCGGGTGCATTTAGACAACCGATTTCATTTGAGGACTCGCCCGACTGGGAAGATACAGATATTGAAGTGAAGGTGGAGGAAGGAGGAGCCGACTCAATTAATACTGCTACTACTCCTGTCTCCCCTTCCCTCTCAAAGATCAATAGTGGCTCACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782496.1
MEEIQSQSDHYRSSSSSASSPASRVPSSNFFYLRKPGAFRQPISFEDSPDWEDTDIEVKVEEGGADSINTATTPVSPSLSKINSGSLASPPLPEGANVARKTAGASIAWKDLTVTIKGKRKYSDKVVKSSNGYAFPGTMTVIMGPAKSGKSTLLRALAGRLPDSARTYGEVFINGVKSHLPYGAYGFVERESTLIGSLTVREYLYYSALLQLPGFIYKKRSAVEDAIHAMSLGDYANKLIGGHCYMKGLRSGERRRVTIA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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