Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000933`

染色体: Chr08 坐标: 6918206-6924295 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000933`
名称	SmilChr08G000933
描述	nodulin homeobox-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	6918206 - 6924295 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000562`
GeneID	`131000562`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000562`
原始查询	`LOC131000562`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	nodulin homeobox-like
产物	nodulin homeobox-like
Arabidopsis	`AT4G03090` (AT4G03090) sequence-specific DNA binding transcription factor ATNDX [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828094] identity=43.5; qcov=1.02; evalue=1.14e-124; confidence=medium
Rice	`Os05g0188600` - identity=36.9; qcov=0.307; evalue=1.57e-21; confidence=low
GO	GO:0003697 (single-stranded DNA binding); GO:0009908 (flower development)
KEGG	-
Pfam	PF25246 (Nodulin_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000562

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057782537.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057782537.1`
3	Nucleus membrane	核膜	0.20000	`XP_057782537.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057782537.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782537.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变，或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782537.1

522 aa

261

522

Nodulin_N

PF25246 Nodulin_N 25-427 aa PF25246 Nodulin_N 428-507 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782537.1`	Pfam	`PF25246`	Nodulin_N	Domain	25	427	7.2e-202	672.1	Nodulin N-terminal domain
`XP_057782537.1`	Pfam	`PF25246`	Nodulin_N	Domain	428	507	7.2e-202	672.1	Nodulin N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926554.1
AAAATAAATTAAACTTGACCGCAACTCACAAGAGACTTGAGGGGCATAATAGTCAGCTTATGAAACTTTCTTGATTTAGGCGAACCTGGCTAATCAGCCTACGCCACCGCGGCGTATAGTAGCATCGTGTGCCACTCCATGGTGCACACTACATATATATTATCAATCAAAAATTTCATGAAAAGGAAACAAAATTGAAAAAGATTTGCGCACTGCGCTTCGAGCCTTACTTGAATTGCTTCCATTTTTGTGCTCTCTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000562
ATGAGGGCATCAAACGAAGCGTCCACCAGCACTGAGCTGGCCAACAGTTTATTTCGAAGCCGACCTGAGGTGGCCCTTGATTTAATTGCTGCGGTCAAGGGACTGCACGAGCTTAGCCCTCAACAGCTTGGAAAACTAATCAGAGATTCTGGGAACAATGTGGTTAGGCACATTGCTGAAGATGGATCATGCATACAGGTTGACTTGGAAAAATTTGCTAGGTATCTTCCTCTTCACCTTATTGCAGTGATTATGGCTTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782537.1
MRASNEASTSTELANSLFRSRPEVALDLIAAVKGLHELSPQQLGKLIRDSGNNVVRHIAEDGSCIQVDLEKFARYLPLHLIAVIMAWERDKSTFKYLLCGILLLHSMCDLASRVPKIEQILLDDVKISEQLIDLVFYLLVLLGAYRQETHTIPNDMVLLHSALVACSLKLLTVIVSPQYQEVAQXLTAYYKVDIFMEAAFAAVCVDVKFLHTKLSAQQDDSSGSASPTAEETLNHLCQQCDSSLQFLQSLCQQKLFRECV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器