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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000947

染色体: Chr08 坐标: 7060704-7070142 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000947
名称SmilChr08G000947
描述sugar transporter ERD6-like 7
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向7060704 - 7070142 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000570
GeneID131000570
locus_tag-
NCBI NameLOC131000570
原始查询LOC131000570

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述sugar transporter ERD6-like 7
产物sugar transporter ERD6-like 7
ArabidopsisAT2G48020 (AT2G48020)
Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819414]
identity=70.1; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0643800
-
identity=60; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high
GOGO:0008643 (carbohydrate transport); GO:0016020 (membrane); GO:0051119 (sugar transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000570

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057782550.1
2 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057782551.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.60000 XP_057782551.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782550.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782550.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:7067097 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B134,B61,C65,C79
Chr8:7067098 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,C59
Chr8:7067165 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr8:7067481 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr8:7067502 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:7069611 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,A19,B4,B63,C57
Chr8:7069614 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B51,C46,C62
Chr8:7069875 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,B68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782550.1
465 aa
N
1
232
465
MFS_1
Sugar_tr
C
PF07690 MFS_1 37-409 aa PF00083 Sugar_tr 41-460 aa
XP_057782551.1
465 aa
N
1
232
465
MFS_1
Sugar_tr
C
PF07690 MFS_1 34-409 aa PF00083 Sugar_tr 34-460 aa
XP_057782552.1
465 aa
N
1
232
465
MFS_1
Sugar_tr
C
PF07690 MFS_1 34-409 aa PF00083 Sugar_tr 34-460 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782550.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 37 409 9.9e-29 101.1 Major Facilitator Superfamily
XP_057782550.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 41 460 3.5e-92 310.4 Sugar (and other) transporter
XP_057782551.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 34 409 2.2e-28 99.9 Major Facilitator Superfamily
XP_057782551.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 34 460 6.5e-92 309.5 Sugar (and other) transporter
XP_057782552.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 34 409 2.2e-28 99.9 Major Facilitator Superfamily
XP_057782552.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 34 460 6.5e-92 309.5 Sugar (and other) transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926569.1
TTTGCAAATTGTTCAGTTACATCGCTTGGGTAGTGATCAGTGATAGTAGCAAGAAGGCATGGCTGGTAAGCAAGACGTCGAGAGAGGCGAAGAAGGGAGTAGAGCTCCACTTCTTGCAGCTGCAAATGAGGATAGATTCATGGTCTATCTCAGCACATTTGTTGCAGTTTGTGGCTCTTACGCCTTCGGATCTTGCATAGGGTATTCATCACCTACTCAGTTTGCCATCAGAGAAGATGTCAACCTATCCTTAGCTGAGT...
XM_057926568.1
TATGGCGCCAGCCACAAACTCTAATTTGCATCACATCTCCAGCTTGGGTAGTGATCAGTGATAGTAGCAAGAAGGCATGGCTGGTAAGCAAGACGTCGAGAGAGGCGAAGAAGGGAGTAGAGCTCCACTTCTTGCAGCTGCAAATGAGGATAGATTCATGGTCTATCTCAGCACATTTGTTGCAGTTTGTGGCTCTTACGCCTTCGGATCTTGCATAGGGTATTCATCACCTACTCAGTTTGCCATCAGAGAAGATGTCA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131000570
ATGGCTGGTAAGCAAGACGTCGAGAGAGGCGAAGAAGGGAGTAGAGCTCCACTTCTTGCAGCTGCAAATGAGGATAGATTCATGGTCTATCTCAGCACATTTGTTGCAGTTTGTGGCTCTTACGCCTTCGGATCTTGCATAGGGTATTCATCACCTACTCAGTTTGCCATCAGAGAAGATGTCAACCTATCCTTAGCTGAGTACTCATTGTTTGGCTCCATCTTGAATTTTGGAGCAATGATTGGTGCAGTCACATGCGG...
LOC131000570
ATGGCTGGTAAGCAAGACGTCGAGAGAGGCGAAGAAGGGAGTAGAGCTCCACTTCTTGCAGCTGCAAATGAGGATAGATTCATGGTCTATCTCAGCACATTTGTTGCAGTTTGTGGCTCTTACGCCTTCGGATCTTGCATAGGGTATTCATCACCTACTCAGTTTGCCATCAGAGAAGATGTCAACCTATCCTTAGCTGAGTACTCATTGTTTGGCTCCATCTTGAATTTTGGAGCAATGATTGGTGCAGTCACATGCGG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057782550.1
MAGKQDVERGEEESRAPLLAAANEDRCMVYLSTFVAVCGSYAFGSCAGYSSPTQFAIRQDVNLSLAEYSLFGSILTFGAMIGAITSGKIADYIGRKGAMIVSSGFCAAGWLSIYFAENALLLDIGRLETGYGMGVFSYVVPVFIAEIAPKDLRGALTTINQLMICTGVSVSFIIGTLLTWRTLALVGIVPCAVLLVGLSIIPESPRWLAKQGKHKEFEASLRRLRGKGADVSAEAAEIQDYIETLERLPKAKLLDLFQKR...
XP_057782551.1
MAGKQDVERGEEGSRAPLLAAANEDRFMVYLSTFVAVCGSYAFGSCIGYSSPTQFAIREDVNLSLAEYSLFGSILNFGAMIGAVTCGQIADRIGRKGAMIVSSLFCTMGWLSIYIAEDALLLDIGRLATGYGMGVFSYVVPVFIAEISPKELRGALTTINQLMIVTGVSVSFVVGTLITWRDLALVGIIPCAVLLVGLSVIPESPRWLAKQGKHKEFEASLRRLRGKGADVSAEAAEIQDYIETLERLPKAKLLDLFQKR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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