当前解析结果
SmilChr08G000942| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000942 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000942 |
| 描述 | LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase ER2 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 7010771 - 7013016 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000578 |
|---|---|
| GeneID | 131000578 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000578 |
| 原始查询 | LOC131000578 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase ER2 |
| 产物 | LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase ER2 |
| Arabidopsis | AT1G03440 (AT1G03440)Leucine-rich repeat (LRR) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839504] identity=70.7; qcov=0.977; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os05g0406800- identity=59.4; qcov=0.977; evalue=2.61e-165; confidence=high |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000578 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell wall | 细胞壁 | 0.60000 | XP_057782564.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057782564.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057782564.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782564.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782564.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:7011019 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B107,B131 |
Chr8:7011043 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D4 |
Chr8:7011068 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C85 |
Chr8:7011117 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B109,B24 |
Chr8:7011626 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D8 |
Chr8:7011795 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B35,B94,C61 |
Chr8:7011911 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C8 |
Chr8:7012186 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 27 | A16,A20,A25,A7,B100,B125,B16,B20,B42,B43,B66,B75,B8,B93,C11,C13,C25,C29,C39,C40,C43,C46,C63,C64,C66,C69,C70 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782564.1PF08263
LRRNT_2 31-69 aa
PF13516
LRR_6 147-161 aa
PF00560
LRR_1 149-171 aa
PF00560
LRR_1 195-212 aa
PF13516
LRR_6 217-231 aa
PF00560
LRR_1 218-239 aa
PF00560
LRR_1 243-261 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782564.1 |
Pfam | PF08263 |
LRRNT_2 | Family | 31 | 69 | 8.1e-10 | 39.5 | Leucine rich repeat N-terminal domain |
XP_057782564.1 |
Pfam | PF13516 |
LRR_6 | Repeat | 147 | 161 | 3.9e-10 | 39.7 | Leucine Rich repeat |
XP_057782564.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 149 | 171 | 2.5e-21 | 71.9 | Leucine Rich Repeat |
XP_057782564.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 195 | 212 | 2.5e-21 | 71.9 | Leucine Rich Repeat |
XP_057782564.1 |
Pfam | PF13516 |
LRR_6 | Repeat | 217 | 231 | 3.9e-10 | 39.7 | Leucine Rich repeat |
XP_057782564.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 218 | 239 | 2.5e-21 | 71.9 | Leucine Rich Repeat |
XP_057782564.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 243 | 261 | 2.5e-21 | 71.9 | Leucine Rich Repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。