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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000940

染色体: Chr08 坐标: 6984208-6986525 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000940
名称SmilChr08G000940
描述gibberellin receptor GID1B-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向6984208 - 6986525 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000588
GeneID131000588
locus_tag-
NCBI NameLOC131000588
原始查询LOC131000588

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述gibberellin receptor GID1B-like
产物gibberellin receptor GID1B-like
ArabidopsisAT3G63010 (GID1B)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825476]
identity=75.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0407500 (GID1)
-
identity=62.9; qcov=1.02; evalue=2.44e-162; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0009939 (positive regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway); GO:0010325 (raffinose family oligosaccharide biosynthetic process); GO:0010331 (gibberellin binding); GO:0016787 (hydrolase activity); GO:0048444 (floral organ morphogenesis)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF07859 (Abhydrolase_3); PF20434 (BD-FAE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000588

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057782578.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057782578.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057782578.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782578.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782578.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:6985434 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr8:6985452 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr8:6985680 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C8,D7
Chr8:6985691 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr8:6985694 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B52
Chr8:6985694 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B52
Chr8:6985698 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr8:6986050 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B25
Chr8:6986052 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B7,B71
Chr8:6986147 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B27,B52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782578.1
342 aa
N
1
171
342
BD-FAE
Abhydrolase_3
C
PF20434 BD-FAE 98-207 aa PF07859 Abhydrolase_3 108-321 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782578.1 Pfam PF20434 BD-FAE Domain 98 207 3.9e-12 46.9 BD-FAE
XP_057782578.1 Pfam PF07859 Abhydrolase_3 Domain 108 321 8.5e-62 209.3 alpha/beta hydrolase fold

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926595.1
TAATTGGGAATATATTTAAAATGGGGGTCCCACCTACACAGTTTATTTCGGCCGCCCCAATTTGTCGTCTCTCTCGTCTCCTCCTTTCGCTCCGTCGTTCTTTTGCCTTTGACTCTCTCTCTCTCTCTCTGATCTATTATAGTAATTTCACACGCTACCTTCAATTTTCCACTCTTCTTTATCAACCATTTATTTGTTTAATTCGTAAATGTTGGTTTATATATCACCCTTCAAAACGCTCGTCTCTCTCTCTCCTTGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000588
ATGGCGGGCAGTAATGAAGTAAATGCTAATGAATCAAAGAGAGTGGTTCCCCTGAATACATGGATCTTGATATCGAATTTCAAGCTCGCCTACAAAATGCTCCGGCGATCCGACGGCACATTCAACCGCGACTTGAACGAATTCCTCGACCGGAAAGTCCCGGCCAACGCCGTCCCCGTCGACGGCGTCTACTCCTTCGACGTCGTCGATCGCGCCACCAGCCTCCTCAACCGCGTCTACCTCGCCGCCGGCGAGAGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782578.1
MAGSNEVNANESKRVVPLNTWILISNFKLAYKMLRRSDGTFNRDLNEFLDRKVPANAVPVDGVYSFDVVDRATSLLNRVYLAAGESDAPWGIAELEKPLSATAIVPVIVFFHGGSFVHSSANSAIYDTFCRRLVRTCGAAVVSVNYRRSPEHRYPCAYDDGWAALKWVESRSWLRSGVDARVHMYLAGDSSGGNIAHHVAVRAAEEGVEVLGNILLHPLFGGQERTESEMRLDGKYFVRIQDRDWYWRAYLPEGEDRDHP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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