当前解析结果
SmilChr08G000967| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000967 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000967 |
| 描述 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 3-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 7191831 - 7193832 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000595 |
|---|---|
| GeneID | 131000595 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000595 |
| 原始查询 | LOC131000595 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 3-like |
| 产物 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 3-like |
| Arabidopsis | AT5G60800 (AT5G60800)Heavy metal transport/detoxification superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836201] identity=40.7; qcov=0.922; evalue=7.06e-45; confidence=medium |
| Rice | Os02g0510600- identity=31.4; qcov=0.958; evalue=7.08e-26; confidence=low |
| GO | GO:0046872 (metal ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00403 (HMA) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000595 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057782587.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057782587.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057782587.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782587.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782587.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:7192133 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A10,B119,B26,B28,B85 |
Chr8:7192159 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:7192201 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D4 |
Chr8:7192402 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C18 |
Chr8:7192516 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B72,C29 |
Chr8:7193170 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A10,B119,B26,B28,B85 |
Chr8:7193388 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B25,D10 |
Chr8:7193506 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B111,B8,C27,C57,C84 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782587.1PF00403
HMA 32-83 aa
PF00403
HMA 146-197 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782587.1 |
Pfam | PF00403 |
HMA | Domain | 32 | 83 | 6.7e-15 | 55.9 | Heavy-metal-associated domain |
XP_057782587.1 |
Pfam | PF00403 |
HMA | Domain | 146 | 197 | 6.7e-15 | 55.9 | Heavy-metal-associated domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。