Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000959`

染色体: Chr08 坐标: 7154902-7156195 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000959`
名称	SmilChr08G000959
描述	serine carboxypeptidase-like 49
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	7154902 - 7156195 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000599`
GeneID	`131000599`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000599`
原始查询	`LOC131000599`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	serine carboxypeptidase-like 49
产物	serine carboxypeptidase-like 49
Arabidopsis	`AT3G10410` (SCPL49) SERINE CARBOXYPEPTIDASE-LIKE 49 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820205] identity=54.9; qcov=0.714; evalue=4.21e-69; confidence=high
Rice	`Os07g0479300` (R-CPD3L) - identity=52.7; qcov=0.681; evalue=2.51e-58; confidence=high
GO	GO:0004185 (serine-type carboxypeptidase activity); GO:0005773 (vacuole); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG	-
Pfam	PF00450 (Peptidase_S10)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000599

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.60000	`XP_057782591.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.20000	`XP_057782591.1`
3	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057782591.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057782591.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782591.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:7155093`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B18
`Chr8:7155165`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:7155380`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr8:7155383`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B48
`Chr8:7155574`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	31	A16,A18,B10,B105,B106,B107,B109,B110,B118,B12,B120,B126,B134,B18,B22,B24,B48,B75,C17,C2,C32,C37,C43,C44,C45,C47,C5,C68,C80,D6,D7
`Chr8:7155601`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C18
`Chr8:7155626`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,B18,B58,C31
`Chr8:7155716`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B18,B58,C31
`Chr8:7155757`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B18,B58,C31
`Chr8:7155757`	`G`	`GT`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B18,B58,C31
`Chr8:7155800`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C18
`Chr8:7155899`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782591.1

273 aa

136

273

Peptidase_S10

PF00450 Peptidase_S10 86-219 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782591.1`	Pfam	`PF00450`	Peptidase_S10	Domain	86	219	2e-46	160.0	Serine carboxypeptidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926608.1
CTATGTTGTTGATCATCATGTCAACTCTGAGTCTTTGCATTCTACTACTCATCTCTTTATCAGCTGATAATGGTAACGCTTCACCGATTCCGACTTCAAAATTCCTCCAGAATGAAGCAGAAAAGCTCATCAGAGACCTCAACTTGTTTCCTAAACTGGATGCCAACATTGTAGACGGCGATCCTGCGGCGGCCCATGCTCCAAGAATCGTTGAAAAACGCCTTCGGTTTCCTCAAATGGATGCTAACTCCACCACAGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000599
ATGTTGTTGATCATCATGTCAACTCTGAGTCTTTGCATTCTACTACTCATCTCTTTATCAGCTGATAATGGTAACGCTTCACCGATTCCGACTTCAAAATTCCTCCAGAATGAAGCAGAAAAGCTCATCAGAGACCTCAACTTGTTTCCTAAACTGGATGCCAACATTGTAGACGGCGATCCTGCGGCGGCCCATGCTCCAAGAATCGTTGAAAAACGCCTTCGGTTTCCTCAAATGGATGCTAACTCCACCACAGTTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782591.1
MLLIIMSTLSLCILLLISLSADNGNASPIPTSKFLQNEAEKLIRDLNLFPKLDANIVDGDPAAAHAPRIVEKRLRFPQMDANSTTVADFGHHAGYYRLAHTKGARMFYYFFESRSKKTSAPVVVWLTGGPGCSSSLALFHENGPFHLTKDYTLVWNDFGWDQASNLIYIDQPTGTGFSYSTTTDDLRHTSEEAALDFYDFLQVYSSSLIKQKHKIDIFICCSQLCYRLSWRNTASSPRTTCTSPESPMLDTIFLHLLLSF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器