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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001028

染色体: Chr08 坐标: 7812416-7813377 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001028
名称SmilChr08G001028
描述uncharacterized SmilChr08G001028
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向7812416 - 7813377 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000608
GeneID131000608
locus_tag-
NCBI NameLOC131000608
原始查询LOC131000608

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816100]; symbol=AT2G16030; hit=AT2G16030; species=arabidopsis; confidence=low
产物S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816100]; symbol=AT2G16030; hit=AT2G16030; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G16030 (AT2G16030)
S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816100]
identity=32.7; qcov=1.06; evalue=1.96e-28; confidence=low
RiceOs01g0785600
-
identity=29.8; qcov=1.04; evalue=1.22e-08; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000608

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057782604.1
2 Endoplasmic reticulum lumen 内质网腔 0.20000 XP_057782604.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057782604.1
4 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057782604.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782604.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:7812593 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 A18,B12,B77,C35,C68,C77
Chr8:7812633 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr8:7812636 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B11,B60,B76,C73
Chr8:7812640 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,B80
Chr8:7812643 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,B60
Chr8:7812655 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr8:7812658 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B30,B48,B8,D3
Chr8:7812686 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B41,B60,B76,C73
Chr8:7812687 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr8:7812690 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr8:7812711 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr8:7812734 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926621.1
ATACCCTTATTTACTGTATGTACAACTAAACTCCCGAACTCTGAAAAACGGATCAAATAAGTCCCTCACCCTAAACAGCGTCTTCTGACCGTCAGTCATCCTTTTTTTAAAAAAAATTTACTATGGGGCCCACATTAACGAATTGCAAAACAATTTTTCAACAGTCAATTGAATATCCATTGATGAAGCTCCATCTCCGATTTCAACTAATACATCAATGGAAAAGCACGTTCAGAGGCTCCTCAATCGAATCTTCGTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000608
ATGGAAAAGCACGTTCAGAGGCTCCTCAATCGAATCTTCGTCGCCGCCATAACCGCGACCACGCTAATCCTCCTCCTCCTCTCCATCCAAACGCCGCAAACCTGCTTCGACCCGAACCCGAAGCCCCACACCTGTTTCCCCAAATCCACCTGCGACTTTCACCCCCGACGCCTACACCACAGTCGAGAAGCGCAACCGTCGCGTCTGGTCCACCAAGGCCTGGACCGTTGCCGTTGTCTCCAACGCCTCCTTCTTCGAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782604.1
MEKHVQRLLNRIFVAAITATTLILLLLSIQTPQTCFDPNPKPHTCFPKSTCDFHPRRLHHSREAQPSRLVHQGLDRCRCLQRLLLRNPPGPKPHREPLARAGRLRQAGPRGPGPQGFRRRVHDGGGGGGVAAAGEPRGPHNLLFFDLGFGAYLDLALFPARYVGQIERTVKRGGVCVVAVEECGAEEVVQIVKLFQKSLLSYLSHLT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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