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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000953

染色体: Chr08 坐标: 7104971-7106534 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000953
名称SmilChr08G000953
描述auxin-binding protein T85-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向7104971 - 7106534 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000613
GeneID131000613
locus_tag-
NCBI NameLOC131000613
原始查询LOC131000613

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述auxin-binding protein T85-like
产物auxin-binding protein T85-like
ArabidopsisAT4G02980 (ABP1)
endoplasmic reticulum auxin binding protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828120]
identity=61.5; qcov=0.847; evalue=4.23e-73; confidence=high
RiceOs12g0529400 (abp)
-
identity=54; qcov=0.995; evalue=1.58e-67; confidence=high
GOGO:0010011 (auxin binding)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02041 (Auxin_BP); PF07883 (Cupin_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000613

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057782608.1
2 Endoplasmic reticulum lumen 内质网腔 1.00000 XP_057782608.1
3 Lysosome 溶酶体 0.20000 XP_057782608.1
4 Melanosome Melanosome 0.20000 XP_057782608.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782608.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782608.1
190 aa
N
1
95
190
Auxin_BP
Cupin_2
C
PF02041 Auxin_BP 26-190 aa PF07883 Cupin_2 69-147 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782608.1 Pfam PF02041 Auxin_BP Domain 26 190 6.5e-78 260.9 Auxin binding protein
XP_057782608.1 Pfam PF07883 Cupin_2 Domain 69 147 4.8e-09 36.5 Cupin domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926625.1
CGATTTGAATAGGGCATGTACTATAACATCAATATGATCTTTTTCTTGGTAATATTAATTTCTTCATTGATTTGAATTTAGGCCGGATTGTGAAAGTCGGCTCACATTTAATTGACCAAGTATTATTTGCATTAAAATGTATACATTGAAGCGGATTGATCGATCCTTCATTAATCTAAGATTATAAATTTAATTTTCGTTTGCTTCTACACTCAGCTTGAAAAGAGAGACAAATTTTGATCAAACCGTCAAAAACATGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000613
ATGTCCCGCCGCCGATGGTATATTTTCTTGTCTGCCCTTTTATTGGCCGCCGCCCCGGCCCAGGCCTCGCGTCGTGCAGCCGACGGGTTACCCATCGTGAGGAACATCAGTGAGATGGGAGAAGATAGCTACGGTCTTCCTGGTTTGTCTCACATCACCATAGCTGGTTCAATCATGCACGGTTTTAAAGAGGTTGAAGTGTGGCATCAAACACTTGGTCCAGGAGCAGGAACACCAATCCACAGGCATTCATGTGAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782608.1
MSRRRWYIFLSALLLAAAPAQASRRAADGLPIVRNISEMGEDSYGLPGLSHITIAGSIMHGFKEVEVWHQTLGPGAGTPIHRHSCEEIFVVLEGSGTLYLASNSHLKHPGTPQHLPFSSNSTFHIPVDNAHQVVNTNEHQDLKFLVVISRPPMKLFVYDDWFMPHTAAKLLSPIFWDQGSYQTPQENDEL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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