Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G000936`

染色体: Chr08 坐标: 6947206-6948168 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G000936`
名称	SmilChr08G000936
描述	uncharacterized SmilChr08G000936
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	6947206 - 6948168 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000619`
GeneID	`131000619`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000619`
原始查询	`LOC131000619`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836489]; symbol=AT5G63690; hit=AT5G63690; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836489]; symbol=AT5G63690; hit=AT5G63690; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G63690` (AT5G63690) Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836489] identity=62.41; qcov=0.892; evalue=9.27e-60; confidence=high
Rice	`-` -
GO	GO:0000724 (double-strand break repair via homologous recombination); GO:0003677 (DNA binding); GO:0007093 (mitotic cell cycle checkpoint signaling); GO:0010212 (response to ionizing radiation); GO:0070876 (SOSS complex)
KEGG	-
Pfam	PF21473 (OB_Ssb-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000619

打开注释模块

非零投票定位候选（最多五项）

特征证据限制：抽查两个保留的历史缓存共 206 行，PROFEAT 特征全部为零；第二块缓存为 106 行，比对应 FASTA 的 100 个蛋白多 6 个。ESM2 特征在抽查范围内为有限非零值。缓存与当前定位结果的历史执行链仍未核实，不能据蛋白编号重合认定这些特征用于线上预测，也不能将抽查推广到全蛋白组。当前结果仅作为探索性候选，特征完整性与预测可靠性尚未建立。

Rank	定位位置	中文	五折投票比例	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057782618.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.60000	`XP_057782618.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:6947703`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:6947811`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B134,C51,C79
`Chr8:6948060`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A16,B4,B77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782618.1

148 aa

148

OB_Ssb-like

PF21473 OB_Ssb-like 43-101 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782618.1`	Pfam	`PF21473`	OB_Ssb-like	Domain	43	101	0.00013	22.7	Single-stranded DNA binding protein Ssb-like, OB fold

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926635.1
AGAAGTCAATATATTTTTATTTTCGAAAGGAACAAATATTAAATATTTACTTACAATCATGTACTCGAAGCGGTGTTTGACCTGAATAATTAAACTTATACCTAAACTTGAAGCAAAATATAGTACTTATTAATTCTCCATTAGTCATTCATTCACTATTTCCGGCTGGAACTACTATAAATCATTTATTCTATGTATAAATAAATGGTGAGTGGTAACATATTCAGGCTTTTCAACTCTCCTAATAATTTCATTGGGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

lcl|NC_080394.1_cds_XP_057782618.1_41420
ATGAACCAGAAAAGTCAGACGGCGATGCGGATGGTGCAGCCTCTGAGGAGCATCGTGCCAGCAGCCGAGAACAACATAAACGCCAAATTCATAGTGGTGGACAAAGGCCGCGTGGCTATGGAGGGCCAGTTCAAAACATGCCTGGCGCTGGTCGCCGACGAGACTGCCGCCGTGCACTTCCAGCTCTGGGGCGACGAGTGCGAGGCGGTGGAGGCCGGCGACATATTGGTGCTCAGGAACGGCATATTCTCCTACAGCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782618.1
MNQKSQTAMRMVQPLRSIVPAAENNINAKFIVVDKGRVAMEGQFKTCLALVADETAAVHFQLWGDECEAVEAGDILVLRNGIFSYSRSSLLLRAGKRGTVEKVGEFTMPFVETPNLSEMRWAPDPRAANKYVQQAVFSAHSRIFPPPR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器