Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001015`

染色体: Chr08 坐标: 7674227-7675838 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001015`
名称	SmilChr08G001015
描述	ubiquitin-like protein 5
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	7674227 - 7675838 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000623`
GeneID	`131000623`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000623`
原始查询	`LOC131000623`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ubiquitin-like protein 5
产物	ubiquitin-like protein 5
Arabidopsis	`AT5G42300` (UBL5) ubiquitin-like protein 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834235] identity=95.9; qcov=1; evalue=4.32e-47; confidence=medium
Rice	`Os11g0145400` - identity=93.2; qcov=1; evalue=2.93e-46; confidence=medium
GO	GO:0000398 (mRNA splicing, via spliceosome); GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0031386 (protein tag activity); GO:0036211 (protein modification process)
KEGG	-
Pfam	PF00240 (ubiquitin)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000623

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057782623.1`
2	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057782623.1`
3	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057782623.1`
4	Nuclear body	核内小体	0.40000	`XP_057782623.1`
5	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057782623.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变，或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782623.1

73 aa

ubiquitin

PF00240 ubiquitin 11-71 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782623.1`	Pfam	`PF00240`	ubiquitin	Domain	11	71	1e-06	29.1	Ubiquitin family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926640.1
ATTAGAATTTAAATAAGTAGGAAGAAAAGGGGGCAGAAATCCACATTTTAGGGTTTGCAGAGGAACTGAAACATGATTGAGGTGGTGTTGAACGATCGGCTGGGGAAGAAGGTTCGGGTGAAATGCAACGACGACGACACGATTGGCGACCTGAAGAAGCTGGTGGCGGCTCAGACGGGAACGCGCGCTGACAAGATCAGAATCCAGAAATGGTACACCGTCTATAAGGACCACATCACCCTAAAGGACTACGAGATCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000623
ATGATTGAGGTGGTGTTGAACGATCGGCTGGGGAAGAAGGTTCGGGTGAAATGCAACGACGACGACACGATTGGCGACCTGAAGAAGCTGGTGGCGGCTCAGACGGGAACGCGCGCTGACAAGATCAGAATCCAGAAATGGTACACCGTCTATAAGGACCACATCACCCTAAAGGACTACGAGATCCACGACGGCATGGGCCTCGAGCTCTACTACAACTAG

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782623.1
MIEVVLNDRLGKKVRVKCNDDDTIGDLKKLVAAQTGTRADKIRIQKWYTVYKDHITLKDYEIHDGMGLELYYN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器