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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004234`

染色体: Chr01 坐标: 60704975-60706257 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004234`
名称	SmilChr01G004234
描述	protein VACUOLELESS GAMETOPHYTES-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	60704975 - 60706257 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000638`
GeneID	`131000638`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000638`
原始查询	`LOC131000638`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein VACUOLELESS GAMETOPHYTES-like
产物	protein VACUOLELESS GAMETOPHYTES-like
Arabidopsis	`AT2G27660` (AT2G27660) Cysteine/Histidine-rich C1 domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817312] identity=43.8; qcov=0.616; evalue=6.4e-42; confidence=medium
Rice	`Os08g0404500` - identity=31.8; qcov=0.685; evalue=3.88e-16; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03107 (C1_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000638

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057782632.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057782632.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057782632.1`
4	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057782632.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782632.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:60705073`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B94,C1,C18
`Chr1:60705116`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B22,B41,C8
`Chr1:60705188`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A20,C5,D10
`Chr1:60705322`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B32
`Chr1:60705322`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B32
`Chr1:60705325`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:60705355`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	D3
`Chr1:60705355`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr1:60705597`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B41,B7
`Chr1:60705654`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C54
`Chr1:60705671`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:60705679`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782632.1

289 aa

144

289

C1_2

PF03107 C1_2 13-59 aa PF03107 C1_2 73-117 aa PF03107 C1_2 128-173 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782632.1`	Pfam	`PF03107`	C1_2	Domain	13	59	3.6e-29	101.6	C1 domain
`XP_057782632.1`	Pfam	`PF03107`	C1_2	Domain	73	117	3.6e-29	101.6	C1 domain
`XP_057782632.1`	Pfam	`PF03107`	C1_2	Domain	128	173	3.6e-29	101.6	C1 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926649.1
CAATTCTTGGCTCAATTCATCAAGTGATGGTAATTCTGTTACAATTATTGTCTTAAACCTCAACGTTTCATGCACGTACACACAATGAAAACGATGACTGCCAGCCATATATGGTGTCTGTAGCCAAAACAAACCTTAAAATACTCACAGATCATATCAATGTCTCTTTCAATCATGGAAAACTCAGCCACCTAAATGTTGTTTAAAGTTGTTTCTTCCTTCATATTGAAAGATCCATCCATAAACGACATATATTCTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000638
ATGGGCAAGATTGAGGCTGAAGCCCATATCACTCACTTCAGCCACCCTCATCCCTTAAACCTAAAATCCATCAACTTATCCGATCCAAACACAACCAAATGCTCGGCCTGCCAGAAACACACCTCCGGCCTCGTCTACACCTGCGATCCTTGTAGCTACAGCCTTCACAAACTCTGCTCCGAGATGCCCGAGAAACTCAACCACAAGGCTGACCGGAAGCACGCCTTAACTCTGCTTCCGGCCCCGGCCTACTCAACAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782632.1
MGKIEAEAHITHFSHPHPLNLKSINLSDPNTTKCSACQKHTSGLVYTCDPCSYSLHKLCSEMPEKLNHKADRKHALTLLPAPAYSTGSFHCNACGVVGTSFCYHCGECELDLHPACAFTKSSVKGGAHEHPLQLCFEPPYEDRTFICDVCGGSGSNHWLYRCEACGFDAHLKCGKADKVRRQQAKTEQRPQYSSSRSVNSQQARVSRSQSVGGPSPTSIYQQQPWHQLQRYETAPVGYAAPVVYGVPNFMQPPTRNDAVQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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