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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001053

染色体: Chr08 坐标: 8052480-8053952 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001053
名称SmilChr08G001053
描述ubiquitin-like protein 5
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向8052480 - 8053952 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000639
GeneID131000639
locus_tag-
NCBI NameLOC131000639
原始查询LOC131000639

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ubiquitin-like protein 5
产物ubiquitin-like protein 5
ArabidopsisAT5G42300 (UBL5)
ubiquitin-like protein 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834235]
identity=95.9; qcov=1; evalue=4.32e-47; confidence=medium
RiceOs11g0145400
-
identity=93.2; qcov=1; evalue=2.93e-46; confidence=medium
GOGO:0000398 (mRNA splicing, via spliceosome); GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0031386 (protein tag activity); GO:0036211 (protein modification process)
KEGG-
PfamPF00240 (ubiquitin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000639

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057782628.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057782628.1
3 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057782628.1
4 Nuclear body 核内小体 0.40000 XP_057782628.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057782628.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782628.1
73 aa
N
1
36
73
ubiquitin
C
PF00240 ubiquitin 11-71 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782628.1 Pfam PF00240 ubiquitin Domain 11 71 1e-06 29.1 Ubiquitin family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926645.1
AGTAGGAAGAAAAGGGGGCAGAAATCCACATTTTAGGGTTTGCAGAGGAACTGAAACATGATTGAGGTGGTGTTGAACGATCGGCTGGGGAAGAAGGTTCGGGTGAAATGCAACGACGACGACACGATTGGCGACCTGAAGAAGCTGGTGGCGGCTCAGACGGGAACGCGCGCTGACAAGATCAGAATCCAGAAATGGTACACCGTCTATAAGGACCACATCACCCTAAAGGACTACGAGATCCACGACGGCATGGGCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000639
ATGATTGAGGTGGTGTTGAACGATCGGCTGGGGAAGAAGGTTCGGGTGAAATGCAACGACGACGACACGATTGGCGACCTGAAGAAGCTGGTGGCGGCTCAGACGGGAACGCGCGCTGACAAGATCAGAATCCAGAAATGGTACACCGTCTATAAGGACCACATCACCCTAAAGGACTACGAGATCCACGACGGCATGGGCCTCGAGCTCTACTACAACTAG

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782628.1
MIEVVLNDRLGKKVRVKCNDDDTIGDLKKLVAAQTGTRADKIRIQKWYTVYKDHITLKDYEIHDGMGLELYYN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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