Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001064`

染色体: Chr08 坐标: 8214467-8215411 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001064`
名称	SmilChr08G001064
描述	classical arabinogalactan protein 4-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	8214467 - 8215411 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000650`
GeneID	`131000650`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000650`
原始查询	`LOC131000650`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	classical arabinogalactan protein 4-like
产物	classical arabinogalactan protein 4-like
Arabidopsis	`AT3G45230` (AT3G45230) hydroxyproline-rich glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823659] identity=63.4; qcov=0.259; evalue=1.32e-12; confidence=weak
Rice	`Os03g0852400` (OsAGP31) - identity=46.3; qcov=0.519; evalue=1.71e-08; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000650

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057782646.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057782646.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782646.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057782646.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057782646.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:8214816`	`C`	`CCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B109
`Chr8:8214816`	`C`	`CCA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B109
`Chr8:8214818`	`ACT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B59
`Chr8:8214818`	`ACT`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B59
`Chr8:8214847`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B30,B70
`Chr8:8214864`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B55,C2
`Chr8:8214962`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B47
`Chr8:8214964`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B120
`Chr8:8214979`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B47
`Chr8:8215095`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A22,A9,B101,B33,C8
`Chr8:8215097`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A14
`Chr8:8215191`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926663.1
AATTCATTCCCTTCGCCCCGCTTTTACTCGTCCCGTCTCTCTCTCTCATATTTATATACACAACACAAGCATGGGTGATGGGTGAAATGTGTATCTATTACTACTATAATTCTCTTTTTCTCTCTCTACGCATCTCATTTTCTCTCTCCCACTAACACATGCATGCTATCACAGTGCAACGAATTTCGAAGAAACCACTCTCCCTCACACCTTCAACTTCTTCTAATAAAAGACTTGTACTCTACTTCAATCACTCTCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000650
ATGGCTTCGATCATCATCCACTCTCTCTCTCTAACCATCTTCTTCGCTCTCCTCTTCTTCCCAAACCCTACATTCTCCGCAGACGTCCCCGAGTCCTCCCCTTCGCCGTCTCCGATGGCCCCAGCGCCATCCCCCGTCTCTCCGCCGGCGCCTCCTCCATCACGTCTATCTCCTGATTCACCTTCTCCGGCGCCGTCTCCAGCGGACGAAGTCGGCGACTCGTCCAATCACAAAGAGTCCCCGTCTCCTGCGCCGATTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782646.1
MASIIIHSLSLTIFFALLFFPNPTFSADVPESSPSPSPMAPAPSPVSPPAPPPSRLSPDSPSPAPSPADEVGDSSNHKESPSPAPIAAADAGQGDKMHLGDLDHGDDSEGMSGGKKAGIAMGVIAAGCVVGIAAVVYKKRQQNIRRAQYSYTDRRDFM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器