Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001076

染色体: Chr08 坐标: 8279572-8285061 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001076
名称SmilChr08G001076
描述serine/threonine-protein kinase GRIK1-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向8279572 - 8285061 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000658
GeneID131000658
locus_tag-
NCBI NameLOC131000658
原始查询LOC131000658

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein kinase GRIK1-like
产物serine/threonine-protein kinase GRIK1-like
ArabidopsisAT5G60550 (GRIK2)
geminivirus rep interacting kinase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836176]
identity=66.6; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0711300
-
identity=58.8; qcov=1.02; evalue=1.19e-170; confidence=high
GOGO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0035556 (intracellular signal transduction)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000658

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057782661.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057782661.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057782661.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057782661.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782661.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:8279909 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,B24
Chr8:8279924 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B134,C79
Chr8:8281776 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B61
Chr8:8283678 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782661.1
405 aa
N
1
202
405
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 108-369 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 111-364 aa
XP_057782662.1
405 aa
N
1
202
405
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 108-369 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 111-364 aa
XP_057782663.1
405 aa
N
1
202
405
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 108-369 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 111-364 aa
XP_057782664.1
405 aa
N
1
202
405
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 108-369 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 111-364 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782661.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 108 369 2.1e-58 198.5 Protein kinase domain
XP_057782661.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 111 364 3.6e-30 105.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057782662.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 108 369 2.1e-58 198.5 Protein kinase domain
XP_057782662.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 111 364 3.6e-30 105.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057782663.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 108 369 2.1e-58 198.5 Protein kinase domain
XP_057782663.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 111 364 3.6e-30 105.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057782664.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 108 369 2.1e-58 198.5 Protein kinase domain
XP_057782664.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 111 364 3.6e-30 105.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926678.1
TAGTTTACTACTCAAAAATAGGATTGGGAGGGACAGATTGTCAGAAGGCGATAAGGAAATCAAACTGTTTTCCGATTAAAGTTGTTGCCATTCAACTAACCCCTAACAACATTTTCTCAACCCCCACGCGCCAATCTAACAATCTTCATCTTCCATCTACATGTAAAATATCCTCATTGCCAAAATCGATTTTTCTCACGTAACAATTTCCATCCTAAATTTTCTCTCCGCACATCTCTCCCTATGACCTCGCGCCAGTT...
XM_057926679.1
CAGATTGTCAGAAGGCGATAAGGAAATCAAACTGTTTTCCGATTAAAGTTGTTGCCATTCAACTAACCCCTAACAACATTTTCTCAACCCCCACGCGCCAATCTAACAATCTTCATCTTCCATCTACATGTAAAATATCCTCATTGCCAAAATCGATTTTTCTCACGTAACAATTTCCATCCTAAATTTTCTCTCCGCACATCTCTCCCTATGACCTCGCGCCAGTTGAATTCTCGTGGAATAACCATCAAACTGTAATA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131000658
ATGGGCTGCTGTGGGTGTTTTGGTTTCTCTTCGAGGAAGCCAAAGAAGGCAGCGAGACCCTGTAGGGGTATGCCCGTCAGTGCTTCACAGGAGTCCTTGTTGGACGATGATGTAGAAGACGAGGACGAGGATTTTTATAATGGAGATATGACAGAAACCGGGGTTCCAGATGAATATGATTTTCAAAGCCCAACAAAGCGCTCTGAAGAGATCTTGATGTCCCTGCTGGAGAATGGATTGGTTTGCAGGGAGTTCCCTGT...
LOC131000658
ATGGGCTGCTGTGGGTGTTTTGGTTTCTCTTCGAGGAAGCCAAAGAAGGCAGCGAGACCCTGTAGGGGTATGCCCGTCAGTGCTTCACAGGAGTCCTTGTTGGACGATGATGTAGAAGACGAGGACGAGGATTTTTATAATGGAGATATGACAGAAACCGGGGTTCCAGATGAATATGATTTTCAAAGCCCAACAAAGCGCTCTGAAGAGATCTTGATGTCCCTGCTGGAGAATGGATTGGTTTGCAGGGAGTTCCCTGT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057782661.1
MGCCGCFGFSSRKPKKAARPCRGMPVSASQESLLDDDVEDEDEDFYNGDMTETGVPDEYDFQSPTKRSEEILMSLLENGLVCREFPVKETNTLLRSEDDDGNKTINEYVRDRKIGSGSYGKVVLYRSRADGKQYAIKAFHKSHLLKLRVAPSETAMTDVYREVLIMKVLSHPNIVNLVEVIDDPTTDHFYMVLEYVEGKWVCEDAGPSCALGENTARKYLRDVVSGLMYLHAHNIVHGDIKPDNLLITSSGTVKIGDFSV...
XP_057782662.1
MGCCGCFGFSSRKPKKAARPCRGMPVSASQESLLDDDVEDEDEDFYNGDMTETGVPDEYDFQSPTKRSEEILMSLLENGLVCREFPVKETNTLLRSEDDDGNKTINEYVRDRKIGSGSYGKVVLYRSRADGKQYAIKAFHKSHLLKLRVAPSETAMTDVYREVLIMKVLSHPNIVNLVEVIDDPTTDHFYMVLEYVEGKWVCEDAGPSCALGENTARKYLRDVVSGLMYLHAHNIVHGDIKPDNLLITSSGTVKIGDFSV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器