Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001089`

染色体: Chr08 坐标: 8409555-8411846 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001089`
名称	SmilChr08G001089
描述	uncharacterized SmilChr08G001089
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	8409555 - 8411846 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000670`
GeneID	`131000670`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000670`
原始查询	`LOC131000670`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	OsUBC27; symbol=OsUBC27; hit=Os01g0273100; species=rice; confidence=high
产物	OsUBC27; symbol=OsUBC27; hit=Os01g0273100; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G20060` (UBC19) ubiquitin-conjugating enzyme19 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821545] identity=67.3; qcov=0.825; evalue=1.22e-71; confidence=high
Rice	`Os01g0273100` (OsUBC27) - identity=69.9; qcov=0.772; evalue=2.46e-73; confidence=high
GO	-
KEGG	smil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00179 (UQ_con)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000670

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057782675.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057782675.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057782675.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782675.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057782675.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:8409754`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:8409779`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B14,B2,C14,C51
`Chr8:8409917`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8
`Chr8:8410058`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:8410061`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:8410079`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B131,B33,B59
`Chr8:8410096`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B112
`Chr8:8410375`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A6,B69,B95,C17,C30
`Chr8:8410378`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr8:8410450`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B22,B52,B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782675.1

189 aa

189

UQ_con

PF00179 UQ_con 43-179 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782675.1`	Pfam	`PF00179`	UQ_con	Domain	43	179	1.1e-44	152.1	Ubiquitin-conjugating enzyme

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926692.1
TAAAATGAGTAATTGGGTTTAATAAAATTCAAAATAAAAAACAGAAAGTGGCAAATCCTTCTGTTAGCGATGTGACTGTGACCCATTCACGAACACTCGTGCATCAATTTTCCAACATTTTGTGACACATTTCTAAAATATGCCAAATCTATCCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTGATTATTGCCTTGAAGGGGGAAGAACAAACGCACGAGGCCCGTAGCTGAGGCAATAAGATCTTGATCCGTAAAAGCCCATTTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000670
ATGGAGGTTCGAGATGAGAGCGATACTCAATCGCGCCATCATCAGGAGCAACAATCACCAACCACCCCCTCCTCCAAGCAACTCAATTCTTCTCCCAATCATGTCGATACCAATTCCGTTACCCAAAGGTTGCAGAAGGAGCTTATGGCTCTAATGATGAGTGGTGGAGATCTGGGAGTATCGGCCTTCCCTGACGGGGAGAGCATATTTACGTGGACTGGCACAATTGAAGGCGGCAAAGGAACTATGTACGACGGTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782675.1
MEVRDESDTQSRHHQEQQSPTTPSSKQLNSSPNHVDTNSVTQRLQKELMALMMSGGDLGVSAFPDGESIFTWTGTIEGGKGTMYDGLSYKLLLRFPLDYPFKPPQVKFETACFHPNVDQFGNICLDILQDKWSSAYDCRTILLSIQSLLGEPNTQSPLNASAALLWKNQEEYRKAVRKYYMAGGDSLDN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器