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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001109`

染色体: Chr08 坐标: 8597803-8613443 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001109`
名称	SmilChr08G001109
描述	tRNA ligase 1
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	8597803 - 8613443 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000691`
GeneID	`131000691`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000691`
原始查询	`LOC131000691`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	tRNA ligase 1
产物	tRNA ligase 1
Arabidopsis	`AT1G07910` (RNL) RNAligase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837306] identity=64.7; qcov=0.969; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0191700` - identity=67.3; qcov=0.862; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003972 (RNA ligase (ATP) activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006388 (tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation)
KEGG	-
Pfam	PF08302 (tRNA_lig_CPD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000691

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057782702.1`
2	Chloroplast	叶绿体	0.20000	`XP_057782702.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057782702.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782702.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057782702.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:8598003`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C10
`Chr8:8598027`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B125,B45,B62,C69
`Chr8:8598050`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A22
`Chr8:8598210`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C10
`Chr8:8598318`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C46
`Chr8:8598678`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B25
`Chr8:8598919`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C10
`Chr8:8599096`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B60,C19,D11
`Chr8:8600854`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr8:8601004`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C40
`Chr8:8601054`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B36
`Chr8:8601060`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782702.1

1187 aa

594

1187

tRNA_lig_CPD

PF08302 tRNA_lig_CPD 1027-1170 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782702.1`	Pfam	`PF08302`	tRNA_lig_CPD	Domain	1027	1170	6.6e-08	33.1	Fungal tRNA ligase phosphodiesterase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926719.1
GAAAAAGCCCATAAGCCCAAGAAAGCTAGAGCTTAGCTGAAGGAAGGCTGAAGATGGCGCAAAAGGCATATCAATCAGAGAAGAGGTTTGCCAAAAAAGGAAAAACCTTATGAATGCGAGCGGAGCCACGACCTGAATCTCCGCGGCTTCCATTTTCCCATAGTTTCTCAGCCACCGCTGCCGTTTTTCTTCTTCAATATTCATGTGGAACGACGATATCTCTCAATAACATTTTTATTTTTCTTTCCACGTGGCTGAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000691
ATGTCTGCTTCGCACAGATTTTTTGGCGGTTTATCCAATTCCTTTTATTCTCGCTCGCCCTTCTCATCTACAACCTTATTCCCCTTTCGCCCTTTCTCCCCCACTCTCTCACGCTCATCCTTCTCCCCGCTCACCATGCCTCGCAAGCAGCGGCAAGGAGTCAGTAAAGATCACAGATGGGTGGAGAAGTCAAAAGTCAATGAGTTGTCTGCCTCATTGGCAGCTTCATCATTGTCAGCTTCAGGGAGTTCCTCTAATGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782702.1
MSASHRFFGGLSNSFYSRSPFSSTTLFPFRPFSPTLSRSSFSPLTMPRKQRQGVSKDHRWVEKSKVNELSASLAASSLSASGSSSNAGKEAATDRVTSLPVTEEPVLSVPSLQFESIGLTNHVPARDQKAVWKPKSYGTVSGTTAGGLNSAPVDQITVPNNGNQTESAGTPAAVSSKLFSGKLLESFTTDSSTYSLAQVRATFYPKFENEKSDQEVRTRMIEMVSKGLATMEVSLKHSGSLFMYAGHEGGAYAKNSYGNI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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