Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001110`

染色体: Chr08 坐标: 8614043-8617704 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001110`
名称	SmilChr08G001110
描述	uncharacterized SmilChr08G001110
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	8614043 - 8617704 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000692`
GeneID	`131000692`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000692`
原始查询	`LOC131000692`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831719]; symbol=AT5G02970; hit=AT5G02970; species=arabidopsis; confidence=high
产物	alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831719]; symbol=AT5G02970; hit=AT5G02970; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G02970` (AT5G02970) alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831719] identity=54.8; qcov=0.935; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0288300` - identity=56; qcov=0.921; evalue=0; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00561 (Abhydrolase_1); PF12146 (Hydrolase_4); PF12697 (Abhydrolase_6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000692

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.40000	`XP_057782703.1`
2	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057782703.1`
3	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.20000	`XP_057782703.1`
4	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057782703.1`
5	Lipid droplet	脂滴	0.20000	`XP_057782703.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:8614381`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr8:8614499`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C78
`Chr8:8614814`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr8:8614820`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B52
`Chr8:8614903`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,C10
`Chr8:8615459`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C28
`Chr8:8615486`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C28
`Chr8:8615594`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr8:8616174`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B59
`Chr8:8616867`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B137,B45,B62
`Chr8:8616933`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D2
`Chr8:8617109`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B112

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782703.1

494 aa

247

494

Abhydrolase_1

Hydrolase_4

Abhydrolase_6

PF00561 Abhydrolase_1 157-444 aa PF12146 Hydrolase_4 180-273 aa PF12697 Abhydrolase_6 181-443 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782703.1`	Pfam	`PF00561`	Abhydrolase_1	Domain	157	444	9.9e-16	58.8	alpha/beta hydrolase fold
`XP_057782703.1`	Pfam	`PF12146`	Hydrolase_4	Domain	180	273	2.8e-10	40.6	Serine aminopeptidase, S33
`XP_057782703.1`	Pfam	`PF12697`	Abhydrolase_6	Domain	181	443	4e-11	44.7	Alpha/beta hydrolase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926720.1
CACCGCGCACTTTTCTCTCACCTAAATCCTAATTATACTTTTCTATAAAAATTTCAAAATAAAATAATACCATCATAAGTTTCAAGTGGTAGAGCCATTGTATTTCGATGTTCAGGTTGATTAGGGAAGGGGAAAAGCAAAACCAAGTGCAGCCAGCAATTGATGCCAGTGCAGGACGAATCCCGGCGGGGCCCACCACTACGCAACCTGCTGACATGTCGAAATCCAGGCCACTGTTTCTGGCATCATCATCTACCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000692
ATGTCTACGGGTGTGCTCGATGGCAGTTACAGCTCCGCCACTATGGGGGGTGGCAGCGCTCCGGCGACGGCGGACTGGAGGGCTCAGGTGGCGGAGTTCGCTAAGGGAGCGGCGGAGATGAGCGTGGAGTTCGGGAAAGGGGTGCGGGACGTGGTGAAGCAGAGTGTAGTCAAGGACGATTCCGAAATTGTGAGGAAGCTGAAGGGCTCATATGCAAATATCTCTCGGAAATTGAGCTTTCTGAATGACTATCTGCCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782703.1
MSTGVLDGSYSSATMGGGSAPATADWRAQVAEFAKGAAEMSVEFGKGVRDVVKQSVVKDDSEIVRKLKGSYANISRKLSFLNDYLPEDRDPRHAWTVIACVWVFALAALIANANQTTTPSFKKMKTHPASANLILLPDGRHLAYQEKGVSAYQARYTMIIPHSFLSSRLAGIPGVKDSLLHEFGVRLVTYDLPGFGESDPHPGRNLESSALDMLHLSYAVNVSGKFWIVGYSGGSIHAWSALRYIPDKVEGAIMVAPMIN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器