当前解析结果
SmilChr01G004258| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004258 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004258 |
| 描述 | putative germin-like protein 2-1 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 60852535 - 60853891 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000694 |
|---|---|
| GeneID | 131000694 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000694 |
| 原始查询 | LOC131000694 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative germin-like protein 2-1 |
| 产物 | putative germin-like protein 2-1 |
| Arabidopsis | AT5G38960 (AT5G38960)RmlC-like cupins superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833888] identity=51.8; qcov=0.917; evalue=5.12e-65; confidence=high |
| Rice | Os02g0491600 (OsGLP2-1)- identity=56.3; qcov=0.982; evalue=5.66e-78; confidence=high |
| GO | GO:0005618 (cell wall); GO:0030145 (manganese ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00190 (Cupin_1); PF07883 (Cupin_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000694 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057782708.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.20000 | XP_057782708.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057782708.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782708.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782708.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:60853450 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A8,B112,B22,B41,D11 |
Chr1:60853487 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C76 |
Chr1:60853508 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B117,B46,C17 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782708.1PF00190
Cupin_1 62-211 aa
PF07883
Cupin_2 103-165 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782708.1 |
Pfam | PF00190 |
Cupin_1 | Domain | 62 | 211 | 5.1e-46 | 156.7 | Cupin |
XP_057782708.1 |
Pfam | PF07883 |
Cupin_2 | Domain | 103 | 165 | 1.8e-08 | 34.7 | Cupin domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。