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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001112

染色体: Chr08 坐标: 8624309-8625968 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001112
名称SmilChr08G001112
描述shewanella-like protein phosphatase 2
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向8624309 - 8625968 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000695
GeneID131000695
locus_tag-
NCBI NameLOC131000695
原始查询LOC131000695

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述shewanella-like protein phosphatase 2
产物shewanella-like protein phosphatase 2
ArabidopsisAT1G18480 (SLP2)
Calcineurin-like metallo-phosphoesterase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838428]
identity=55.6; qcov=1; evalue=2.81e-155; confidence=high
RiceOs11g0261900
-
identity=49.2; qcov=0.992; evalue=2.02e-116; confidence=high
GOGO:0016787 (hydrolase activity)
KEGG-
PfamPF00149 (Metallophos)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000695

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057782705.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057782705.1
3 Peroxisome 过氧化物酶体 0.40000 XP_057782705.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782705.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782705.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:8624652 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B121,B79,B81,B87
Chr8:8624721 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B121,B79,B81,B87
Chr8:8624745 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B121,B79,B81,B87
Chr8:8624826 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C78
Chr8:8625021 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr8:8625051 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr8:8625432 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,C6
Chr8:8625483 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C65
Chr8:8625483 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr8:8625613 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782705.1
389 aa
N
1
194
389
Metallophos
C
PF00149 Metallophos 51-183 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782705.1 Pfam PF00149 Metallophos Domain 51 183 3.1e-09 38.3 Calcineurin-like phosphoesterase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926722.1
AATTCGATATTAATATTATGATATCCGCATACTCTGGAGAGAGAAAAAACACCTAGGAAGCAAACGTCCAATAATTTGAACATTCAAAGGACCCGAATTTTCTCTTGTCTATCTTCTTCTCTGTACAAATTTATGAGACCTCGAACTCGAACAACATTTCACAACAGAGGTTCCAGCAAACCATAATTCGAAACAACAAATAGGGGGTAAAAACGGCCGATTCCGAGCAGCGAAGAATCGGCGATGGATTGCGCAACCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000695
ATGGATTGCGCAACCGTTCCGTCTCTCATCTCCGACTTCGTCAACACATTCGTCGATTTCTCCGTCAGCGGCGGCATTTTCCTGCCTCCGGAACCGAAATCGGTTAAAAACTCCACCGATTCCCTGCGAACCGTGTTCCCTCAGCCCGCCCGCCTCATCGCCGTCGGGGACATCCACGGCGATCTCCCCAAGGCTAAATCGGCCCTAAGACTAGCCGGCTTGATCGGACCGGACGACCGATGGTCTGGCGAGTCCGCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782705.1
MDCATVPSLISDFVNTFVDFSVSGGIFLPPEPKSVKNSTDSLRTVFPQPARLIAVGDIHGDLPKAKSALRLAGLIGPDDRWSGESATVVQVGDIFDRGGDEIKLLYFFERLKREAAKAGGTVITMNGNHEIMNVDADFRFVARLGVKEFEDWGFWQCVGNGMKRMCLGIDSDLVFKDLFDGVPDEIPGIPPQFLNGIRARIAALRPNGLISNRFLSKNQTVVVVGDSVFAHGGLLEKHVVYGLERMNEEVRDWIRGLSEK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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