当前解析结果
SmilChr08G001131| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001131 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001131 |
| 描述 | BTB/POZ domain-containing protein At5g60050 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 8868639 - 8873249 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000711 |
|---|---|
| GeneID | 131000711 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000711 |
| 原始查询 | LOC131000711 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | BTB/POZ domain-containing protein At5g60050 |
| 产物 | BTB/POZ domain-containing protein At5g60050 |
| Arabidopsis | AT5G60050 (AT5G60050)BTB/POZ domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836127] identity=57.5; qcov=0.969; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os04g0579700- identity=41.8; qcov=0.983; evalue=9.67e-127; confidence=medium |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF25553 (BTB-POZ_ANK-like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000711 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057782737.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057782737.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782737.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782737.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057782737.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:8869115 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A19 |
Chr8:8869173 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C19 |
Chr8:8869173 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C19 |
Chr8:8869196 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C78 |
Chr8:8869234 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B23,B35 |
Chr8:8869335 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B35 |
Chr8:8869409 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B51 |
Chr8:8869409 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B51 |
Chr8:8870139 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C10 |
Chr8:8870168 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | D4 |
Chr8:8870168 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | D4 |
Chr8:8870187 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B62 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782737.1PF25553
BTB-POZ_ANK-like 265-502 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782737.1 |
Pfam | PF25553 |
BTB-POZ_ANK-like | Repeat | 265 | 502 | 1e-63 | 215.7 | BTB/POZ Ankyrin-like repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。