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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001133

染色体: Chr08 坐标: 8895419-8898029 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001133
名称SmilChr08G001133
描述uncharacterized SmilChr08G001133
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向8895419 - 8898029 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000715
GeneID131000715
locus_tag-
NCBI NameLOC131000715
原始查询LOC131000715

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000715

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.80000 XP_057782744.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057782742.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057782743.1
4 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.40000 XP_057782744.1
5 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057782741.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:8896666 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B83
Chr8:8896666 T TA 1bp_insertion CDS_variant 1 B83
Chr8:8896667 TGC T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B83
Chr8:8896667 TGC T 2bp_deletion CDS_variant 1 B83
Chr8:8896675 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B24
Chr8:8896679 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 95 A10,A20,A21,A5,B11,B112,B113,B114,B117,B118,B119,B126,B127,B129,B13,B138,B15,B17,B20,B21,B22,B24,B26,B27,B28,B30,B33,B35,B48,B50,B51,B52,B55,B57,B59,B62,B63,B64,B67,B7,B71,B72,B75,B78,B79,B8,B80,B83,B84,B87,B88,B90,B92,B93,B96,B98,B99,C11,C13,C14,C15,C16,C18,C20,C22,C26,C28,C3,C30,C33,C34,C39,C41,C5,C51,C53,C59,C61,C67,C72,C74,C78,C81,C82,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D4,D5,D9
Chr8:8896680 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B24
Chr8:8896789 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 130 A10,A11,A13,A16,A18,A20,A21,A25,A5,A8,B102,B108,B11,B111,B112,B113,B114,B117,B118,B119,B120,B121,B124,B125,B126,B129,B130,B132,B138,B139,B15,B17,B20,B21,B24,B25,B26,B27,B28,B3,B30,B33,B35,B36,B37,B44,B45,B48,B51,B52,B55,B57,B59,B61,B62,B64,B67,B7,B71,B72,B73,B75,B78,B79,B8,B80,B83,B84,B86,B87,B88,B9,B90,B91,B92,B98,B99,C11,C13,C14,C15,C16,C18,C20,C22,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C33,C34,C35,C39,C41,C43,C46,C47,C5,C51,C53,C54,C56,C61,C65,C67,C7,C72,C73,C74,C75,C78,C81,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D2,D3,D4,D5,D8,D9
Chr8:8896852 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 35 A18,A25,B102,B108,B11,B111,B114,B132,B15,B20,B24,B27,B30,B37,B44,B51,B62,B64,B75,B83,B90,B93,C11,C26,C27,C3,C33,C5,C51,C61,C72,C74,C78,C81,D9
Chr8:8897070 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr8:8897088 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B46
Chr8:8897088 T TA 1bp_insertion CDS_variant 1 B46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926761.1
TACTGGACACTATTAAGACATCGAATTGTTGGGGTCGTAATAGTGCGTCAATTACAACACTATCAAGTGCCACACTGCAATCTCAAACAAAGATATATTTTTTCTCTTTTTAAATTAATCAAAGATGTAATTAAAGGAAAGGTCAAACACTTAAATACTCGTGCAATTAACTGGCGGCAAGCTTCCCACCAATTAAATAAAATTTTAAGTTCTAAAATTTGAAAGCGGTAAATTTCCCCAATTTTTCACTAAATAGCGAA...
XM_057926760.1
ACTGGACACTATTAAGACATCGAATTGTTGGGGTCGTAATAGTGCGTCAATTACAACACTATCAAGTGCCACACTGCAATCTCAAACAAAGATATATTTTTTCTCTTTTTAAATTAATCAAAGATGTAATTAAAGGAAAGGTCAAACACTTAAATACTCGTGCAATTAACTGGCGGCAAGCTTCCCACCAATTAAATAAAATTTTAAGTTCTAAAATTTGAAAGCGGTAAATTTCCCCAATTTTTCACTAAATAGCGAAA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131000715
ATGAGAAGCTTCTTTGTGACTCATTTCAATACATGGAGATTGCGAATGGAATGCACGGGAAGTAAAAGTATAACCACTTATGTGGTTTATGTTTCAAAACTTGGGATGATTGAGCTGATTCTGTTTAGGGATGCTGGCAACTTTTCTCTTTATTGCAGTCGCACAACTGGATTTTTGGTATTCTTGCTGGCTAGCTTCCTGGGGATTGGAGCTTCTTTGTGGCATACTTGGTTGCGAGGATCTCTTTTTGGTATTTCTTG...
LOC131000715
ATGAGAAGCTTCTTTGTGACTCATTTCAATACATGGAGATTGCGAATGGAATGCACGGGAAGTAAAAGTATAACCACTTATGTGGTTTATGTTTCAAAACTTGGGATGATTGAGCTGATTCTGTTTAGGGATGCTGGCAACTTTTCTCTTTATTGCAGTCGCACAACTGGATTTTTGGTATTCTTGCTGGCTAGCTTCCTGGGGATTGGAGCTTCTTTGTGGCATACTTGGTTGCGAGGATCTCTTTTTGGTATTTCTTG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057782741.1
MRSFFVTHFNTWRLRMECTGSKSITTYVVYVSKLGMIELILFRDAGNFSLYCSRTTGFLVFLLASFLGIGASLWHTWLRGSLFGISCNRVSPEAAVGEFSSFFADWIARHGISLFIR
XP_057782742.1
MRSFFVTHFNTWRLRMECTGSKSITTYVVYVSKLGMIELILFRDAGNFSLYCSRTTGFLVFLLASFLGIGASLWHTWLRGSLFGISCNRVSPEVNKNEKE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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