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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001159

染色体: Chr08 坐标: 9217591-9224234 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001159
名称SmilChr08G001159
描述uncharacterized SmilChr08G001159
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向9217591 - 9224234 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000742
GeneID131000742
locus_tag-
NCBI NameLOC131000742
原始查询LOC131000742

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os05g0460800; species=rice; confidence=high
产物hit=Os05g0460800; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT5G59770 (AT5G59770)
Protein-tyrosine phosphatase-like, PTPLA [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836098]
identity=57.6; qcov=0.953; evalue=9.67e-79; confidence=high
RiceOs05g0460800
-
identity=57.6; qcov=1.01; evalue=1.69e-87; confidence=high
GOGO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0018812 (3-hydroxyacyl-CoA dehydratase activity); GO:0030148 (sphingolipid biosynthetic process); GO:0030497 (fatty acid elongation); GO:0042761 (very long-chain fatty acid biosynthetic process)
KEGGsmil00062 (Fatty acid elongation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01040 (Biosynthesis of unsaturated fatty acids - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01212 (Fatty acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF04387 (PTPLA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000742

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057782778.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057782778.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782778.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782778.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782778.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:9218104 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B37,B46
Chr8:9218104 C CT 1bp_insertion CDS_variant 2 B37,B46
Chr8:9218109 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B18,B51
Chr8:9218109 TA T 1bp_deletion CDS_variant 2 B18,B51
Chr8:9218440 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr8:9218443 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B138,B15,C1
Chr8:9218462 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 1 C10
Chr8:9218462 A AT 1bp_insertion CDS_variant 1 C10
Chr8:9219183 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B16,B45,B62,C9
Chr8:9220025 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34
Chr8:9220189 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782778.1
215 aa
N
1
108
215
PTPLA
C
PF04387 PTPLA 52-208 aa
XP_057782779.1
215 aa
N
1
108
215
PTPLA
C
PF04387 PTPLA 52-208 aa
XP_057782780.1
215 aa
N
1
108
215
PTPLA
C
PF04387 PTPLA 52-208 aa
XP_057782781.1
215 aa
N
1
108
215
PTPLA
C
PF04387 PTPLA 52-208 aa
XP_057782782.1
215 aa
N
1
108
215
PTPLA
C
PF04387 PTPLA 52-208 aa
XP_057782783.1
215 aa
N
1
108
215
PTPLA
C
PF04387 PTPLA 52-208 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782778.1 Pfam PF04387 PTPLA Family 52 208 5.2e-53 179.7 Protein tyrosine phosphatase-like protein, PTPLA
XP_057782779.1 Pfam PF04387 PTPLA Family 52 208 5.2e-53 179.7 Protein tyrosine phosphatase-like protein, PTPLA
XP_057782780.1 Pfam PF04387 PTPLA Family 52 208 5.2e-53 179.7 Protein tyrosine phosphatase-like protein, PTPLA
XP_057782781.1 Pfam PF04387 PTPLA Family 52 208 5.2e-53 179.7 Protein tyrosine phosphatase-like protein, PTPLA
XP_057782782.1 Pfam PF04387 PTPLA Family 52 208 5.2e-53 179.7 Protein tyrosine phosphatase-like protein, PTPLA
XP_057782783.1 Pfam PF04387 PTPLA Family 52 208 5.2e-53 179.7 Protein tyrosine phosphatase-like protein, PTPLA

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926799.1
TACAATTATCATTTTTCCTTCTTTCTTTGAGCTCGCGCCTTCTACAGTGGTGAACAAACAAGATATTTCACTCTCACCTTTTATTGAAAGAAGAAGAAACATCCACGTAGCTTGTTTTCACCTTTTTTAACACCCCTTCCTCATCTAATTCAGATCACCCCAAAAATAATCACTCACAATTCAATTTCTTCAACTGCTAGAATTTCTGCAGTACTCTTCCCAATCCCAGATTTTCGAATCCAATTCATGCGGATACAGAT...
XM_057926796.1
TCATTTTTCCTTCTTTCTTTGAGCTCGCGCCTTCTACAGTGGTGAACAAACAAGATATTTCACTCTCACCTTTTATTGAAAGAAGAAGAAACATCCACGTAGCTTGTTTTCACCTTTTTTAACACCCCTTCCTCATCTAATTCAGATCACCCCAAAAATAATCACTCACAATTCAATTTCTTCAACTGCTAGAATTTCTGCAGTACTCTTCCCAATCCCAGATTTTCGAATCCAATTCATGCGGATACAGATAGCATAAC...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131000742
ATGTCACAACTGCGGAGCTCGTATCTTTTCTTCTACAATCTCGTCCAGGCATCTGGATGGGCTTTGTCTCTGTTCAGAATTTTGAGCAGCTTCTCTTCCTCCAAATCAACCACTGCCGCCTTCTCTTCTGCCGGTCAACTAATCTGCCTTTTGCAGTGTCTTGCATTCTTGGAAGTTATTCATGGGGCTGTTGGAATTGTGCCGAGTGGTGTTGTGCTTCCTCTGATGCAATGGGGAGGAAGAACTCACTTTTTGCTCGC...
LOC131000742
ATGTCACAACTGCGGAGCTCGTATCTTTTCTTCTACAATCTCGTCCAGGCATCTGGATGGGCTTTGTCTCTGTTCAGAATTTTGAGCAGCTTCTCTTCCTCCAAATCAACCACTGCCGCCTTCTCTTCTGCCGGTCAACTAATCTGCCTTTTGCAGTGTCTTGCATTCTTGGAAGTTATTCATGGGGCTGTTGGAATTGTGCCGAGTGGTGTTGTGCTTCCTCTGATGCAATGGGGAGGAAGAACTCACTTTTTGCTCGC...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057782778.1
MSQLRSSYLFFYNLVQASGWALSLFRILSSFSSSKSTTAAFSSAGQLICLLQCLAFLEVIHGAVGIVPSGVVLPLMQWGGRTHFLLAIVRQIPEVQELPSVFITFVAWSVSEVIRYSHYALYCVGSSPKWITFIRYNAFIILYPIGVFPGEMWLMYQALPFIKKEKLYADSLPFSYYNFMVVFLFCYPFLWLKLYLHLFKQRRSKLGKQEKKKRS
XP_057782779.1
MSQLRSSYLFFYNLVQASGWALSLFRILSSFSSSKSTTAAFSSAGQLICLLQCLAFLEVIHGAVGIVPSGVVLPLMQWGGRTHFLLAIVRQIPEVQELPSVFITFVAWSVSEVIRYSHYALYCVGSSPKWITFIRYNAFIILYPIGVFPGEMWLMYQALPFIKKEKLYADSLPFSYYNFMVVFLFCYPFLWLKLYLHLFKQRRSKLGKQEKKKRS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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