当前解析结果
SmilChr08G001183| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001183 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001183 |
| 描述 | actin-depolymerizing factor 4-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 9483772 - 9486406 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000768 |
|---|---|
| GeneID | 131000768 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000768 |
| 原始查询 | LOC131000768 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | actin-depolymerizing factor 4-like |
| 产物 | actin-depolymerizing factor 4-like |
| Arabidopsis | AT5G59890 (ADF4)actin depolymerizing factor 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836111] identity=86.4; qcov=1; evalue=2.82e-85; confidence=high |
| Rice | Os02g0663800 (OsADF1)- identity=77.1; qcov=0.992; evalue=6.08e-75; confidence=high |
| GO | GO:0005737 (cytoplasm); GO:0015629 (actin cytoskeleton); GO:0030042 (actin filament depolymerization); GO:0051015 (actin filament binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00241 (Cofilin_ADF) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000768 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoskeleton | 细胞骨架 | 1.00000 | XP_057782816.1 |
| 2 | Cell projection | 细胞突起 | 0.80000 | XP_057782816.1 |
| 3 | Pseudopodium | Pseudopodium | 0.60000 | XP_057782816.1 |
| 4 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057782817.1 |
| 5 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057782816.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:9485927 |
TTG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | A8 |
Chr8:9485927 |
TTG |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | A8 |
Chr8:9485946 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B52,D11 |
Chr8:9485959 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 7 | A13,A4,B1,B140,B61,C40,C82 |
Chr8:9486203 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A23,B128,B40,B48 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782816.1PF00241
Cofilin_ADF 7-138 aa
XP_057782817.1PF00241
Cofilin_ADF 2-131 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782816.1 |
Pfam | PF00241 |
Cofilin_ADF | Domain | 7 | 138 | 1e-42 | 145.6 | Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein |
XP_057782817.1 |
Pfam | PF00241 |
Cofilin_ADF | Domain | 2 | 131 | 2.7e-42 | 144.3 | Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。