当前解析结果
SmilChr08G001192| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001192 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001192 |
| 描述 | scarecrow-like protein 14 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 9576907 - 9580861 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000779 |
|---|---|
| GeneID | 131000779 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000779 |
| 原始查询 | LOC131000779 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | scarecrow-like protein 14 |
| 产物 | scarecrow-like protein 14 |
| Arabidopsis | AT1G07530 (SCL14)SCARECROW-like 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837267] identity=52.1; qcov=0.926; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0690600 (OsSCL14)- identity=46.1; qcov=0.928; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03514 (GRAS) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000779 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057782831.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782831.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782831.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057782831.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057782831.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:9578302 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B74,C73 |
Chr8:9578308 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B28 |
Chr8:9578330 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A19 |
Chr8:9578396 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B105,B118,B18 |
Chr8:9578401 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B42,B43,B6,C67 |
Chr8:9579030 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B16,B93,C13,C29,C43 |
Chr8:9579090 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C4 |
Chr8:9579200 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C32 |
Chr8:9579450 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B16,B93,C13,C29,C43 |
Chr8:9579567 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B101,B99,C23,C78,C87 |
Chr8:9579620 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A13,A4,B61,C40 |
Chr8:9579826 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B53,B97 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782831.1PF03514
GRAS 375-745 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782831.1 |
Pfam | PF03514 |
GRAS | Family | 375 | 745 | 1.8e-110 | 370.1 | GRAS domain family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。