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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001192

染色体: Chr08 坐标: 9576907-9580861 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001192
名称SmilChr08G001192
描述scarecrow-like protein 14
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向9576907 - 9580861 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000779
GeneID131000779
locus_tag-
NCBI NameLOC131000779
原始查询LOC131000779

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述scarecrow-like protein 14
产物scarecrow-like protein 14
ArabidopsisAT1G07530 (SCL14)
SCARECROW-like 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837267]
identity=52.1; qcov=0.926; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0690600 (OsSCL14)
-
identity=46.1; qcov=0.928; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG-
PfamPF03514 (GRAS)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000779

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057782831.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782831.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782831.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057782831.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057782831.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:9578302 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B74,C73
Chr8:9578308 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr8:9578330 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr8:9578396 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,B118,B18
Chr8:9578401 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B42,B43,B6,C67
Chr8:9579030 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B16,B93,C13,C29,C43
Chr8:9579090 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr8:9579200 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C32
Chr8:9579450 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B16,B93,C13,C29,C43
Chr8:9579567 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B99,C23,C78,C87
Chr8:9579620 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,A4,B61,C40
Chr8:9579826 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,B97

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782831.1
748 aa
N
1
374
748
GRAS
C
PF03514 GRAS 375-745 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782831.1 Pfam PF03514 GRAS Family 375 745 1.8e-110 370.1 GRAS domain family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926848.1
GTTCTCTCTCTACATACAGATACAGACACCAACATAATAGAGCTGAGTTGCTTTATTTCATTTCGACCCGACAATTCCAATTAACTCTTTCAAGAATCTTTCACTCCTCACTTCATATTTGTGATTACCTCCTCTCCTTTCACTTGACGAATTTCCGAGGGAATTTAAGTAATCGTTCTCATGGATCCTTGGTTCAGTGATTCCAACACATCAAATGAGTTTAAATTTGATGATGGAAGTTTTCTCCCCAGTTATGATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000779
ATGGATCCTTGGTTCAGTGATTCCAACACATCAAATGAGTTTAAATTTGATGATGGAAGTTTTCTCCCCAGTTATGATCAGCTTCAAAACCTTAGAAATGGGACTAAACATGATTACTTAGATCTTGATGTCCTGGATATCCCTTTCCTTCCTATAAGCCCAGGCCCTGATAATTTTGGTCCATCTTCGAATGTGAGCTATGAAACCGACTCTCCAGATGATGTAGACTCTGATCCAGTGCTAAAATTTCTCAATCAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782831.1
MDPWFSDSNTSNEFKFDDGSFLPSYDQLQNLRNGTKHDYLDLDVLDIPFLPISPGPDNFGPSSNVSYETDSPDDVDSDPVLKFLNQILVEEDMEEKPSMFHDPLALRAAEKSLYEVIGQKYPPSPSYPGSYVDQKSDSPDSFFGNSSEYTSSSNAGSSSIDPQWIVDPGENTSSMEQGHLQDLLSDSFLPVSSQSSSLAVNSSYGNVNTLMNSFSDASLLQNLFGDSESILQFKRGMEEASKFLPNSNPLIIDLDKYELP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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