当前解析结果
SmilChr08G001198| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001198 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001198 |
| 描述 | suppressor of disruption of TFIIS-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 9650913 - 9653351 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000785 |
|---|---|
| GeneID | 131000785 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000785 |
| 原始查询 | LOC131000785 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | suppressor of disruption of TFIIS-like |
| 产物 | suppressor of disruption of TFIIS-like |
| Arabidopsis | AT5G59480 (AT5G59480)Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836067] identity=58; qcov=1.06; evalue=8.85e-122; confidence=high |
| Rice | Os03g0273800- identity=55; qcov=1.07; evalue=2.46e-110; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00702 (Hydrolase) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000785 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057782836.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057782836.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057782836.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782836.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782836.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:9651229 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B108 |
Chr8:9651379 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B58,C17,C31 |
Chr8:9651497 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B30 |
Chr8:9651665 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C32,C68 |
Chr8:9651883 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B41 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782836.1PF00702
Hydrolase 15-212 aa
XP_057782837.1PF00702
Hydrolase 15-210 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782836.1 |
Pfam | PF00702 |
Hydrolase | Domain | 15 | 212 | 6.7e-12 | 46.9 | haloacid dehalogenase-like hydrolase |
XP_057782837.1 |
Pfam | PF00702 |
Hydrolase | Domain | 15 | 210 | 4.2e-12 | 47.6 | haloacid dehalogenase-like hydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。