Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001253`

染色体: Chr08 坐标: 9940967-9942454 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001253`
名称	SmilChr08G001253
描述	uncharacterized SmilChr08G001253
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	9940967 - 9942454 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000818`
GeneID	`131000818`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000818`
原始查询	`LOC131000818`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os10g0350800; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os10g0350800; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os10g0350800` - identity=55.5; qcov=0.571; evalue=2.96e-62; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000818

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057782893.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.60000	`XP_057782893.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057782893.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782893.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057782893.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:9941319`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	73	A13,A2,A21,A6,A9,B1,B10,B101,B103,B105,B106,B11,B110,B112,B113,B12,B120,B129,B130,B131,B138,B139,B16,B17,B18,B22,B28,B32,B37,B40,B41,B48,B49,B53,B56,B62,B70,B71,B74,B75,B78,B79,B82,B88,B9,B96,B97,B99,C11,C13,C19,C23,C29,C3,C39,C43,C44,C45,C56,C6,C62,C65,C69,C70,C71,C73,C77,C80,C81,C85,C9,D2,D6
`Chr8:9941321`	`A`	`ATC`	2bp_insertion	frameshift_variant	73	A13,A2,A21,A6,A9,B1,B10,B101,B103,B105,B106,B11,B110,B112,B113,B12,B120,B129,B130,B131,B138,B139,B16,B17,B18,B22,B28,B32,B37,B40,B41,B48,B49,B53,B56,B62,B70,B71,B74,B75,B78,B79,B82,B88,B9,B96,B97,B99,C11,C13,C19,C23,C29,C3,C39,C43,C44,C45,C56,C6,C62,C65,C69,C70,C71,C73,C77,C80,C81,C85,C9,D2,D6
`Chr8:9941327`	`ATG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	84	A13,A2,A21,A6,A9,B1,B10,B101,B103,B105,B106,B11,B110,B112,B113,B12,B120,B129,B130,B131,B138,B139,B16,B17,B18,B19,B22,B28,B32,B36,B37,B40,B41,B48,B49,B52,B53,B56,B60,B62,B70,B71,B73,B74,B75,B78,B79,B8,B82,B88,B89,B9,B96,B97,B99,C11,C13,C19,C23,C29,C3,C39,C43,C44,C45,C46,C53,C56,C6,C62,C65,C69,C70,C71,C73,C77,C78,C80,C81,C85,C9,D2,D6,D8
`Chr8:9941386`	`C`	`CT`	1bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	37	A1,A11,A3,A6,B1,B100,B111,B117,B121,B127,B25,B26,B33,B38,B39,B48,B56,B79,B80,B95,B96,C10,C16,C18,C22,C27,C4,C40,C48,C54,C58,C60,C62,C72,C74,C8,C84
`Chr8:9941388`	`T`	`TAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	B66,B8
`Chr8:9941388`	`T`	`TAA`	2bp_insertion	CDS_variant	2	B66,B8
`Chr8:9941404`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:9941425`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B119,B3,C24,C46
`Chr8:9941444`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B98,C80,D10
`Chr8:9941465`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,B94
`Chr8:9941473`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	22	A21,A7,B110,B114,B139,B34,B44,B47,B51,B52,B58,B65,B75,C13,C5,C51,C56,C65,C74,C83,D10,D6
`Chr8:9941524`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B119,B3,C24,C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926910.1
GGTGCTGCGCGGTAGCAGACAAAACAATAGTTGAATGGGGAGACACGGCTCAAGCACCTGGCCCCAACGGGGGAACTTACGGCGACTGCCAACTGGAGGAGGCGCACAGGCAGCGAGAGGCGCAGCACTAAGCAGTGTAGGGCACTGCATCGCCGATTGGAGTTAGGTCATTAAGGAGGCGGAGTAGGGCACTGCGTCGCCGACGGCGAGGGGAAATTCTGGCTCAATGCGAGACGGAGAGGGTGAACTGTTTCGGCGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000818
ATGTGGGTCGGGTCAACCCGTGATCCGCGAAAAGATCAACATGTACATGTACATGTTTGGTTTGTGTTATGCCACGTTTGGCGTGTACGATCGCGATCGAGTAACCTTAATTTGCTGCTCTCAGTAATTTCATTCATGGAGCTCGCTAGAGTAGTGAAGCTTCCACTTTCTTCATTCCTTGTTCGGGAAAAACAAATCCAACACCCAAACACGCCATTAATCCACACTAGAAAAAGCCTTCGGCACCAGAATCTCAATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782893.1
MWVGSTRDPRKDQHVHVHVWFVLCHVWRVRSRSSNLNLLLSVISFMELARVVKLPLSSFLVREKQIQHPNTPLIHTRKSLRHQNLNSSPNYSITPKTHFKSQLNDETTRSNSEICGAKFNQKTPSEKTNNLESYAPTMSEIVESSRLQNLDLQLQRFGPFFRITAKSLESGSELGRAEGVIRFWFGGKILHLDSMKLQRETIGMSKSIFGIGLFLGAVAIRLGYDCGCVKAELLAINDTHLYHSKLVRFYKRLGFKEVYE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器