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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004266

染色体: Chr01 坐标: 60918816-60919703 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004266
名称SmilChr01G004266
描述putative germin-like protein 2-1
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向60918816 - 60919703 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000832
GeneID131000832
locus_tag-
NCBI NameLOC131000832
原始查询LOC131000832

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative germin-like protein 2-1
产物putative germin-like protein 2-1
ArabidopsisAT3G04170 (AT3G04170)
RmlC-like cupins superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819572]
identity=45.7; qcov=0.995; evalue=1.6e-58; confidence=high
RiceOs02g0491600 (OsGLP2-1)
-
identity=48.4; qcov=1.03; evalue=2.92e-68; confidence=high
GOGO:0005618 (cell wall); GO:0030145 (manganese ion binding)
KEGG-
PfamPF00190 (Cupin_1); PF07883 (Cupin_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000832

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057782922.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782922.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782922.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782922.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057782922.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:60918870 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B83,C59
Chr1:60918968 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr1:60919194 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr1:60919440 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B7
Chr1:60919440 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B7
Chr1:60919442 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr1:60919465 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B106,B23,B27,B37,C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782922.1
209 aa
N
1
104
209
Cupin_1
Cupin_2
C
PF00190 Cupin_1 71-200 aa PF07883 Cupin_2 89-161 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782922.1 Pfam PF00190 Cupin_1 Domain 71 200 1.5e-37 129.2 Cupin
XP_057782922.1 Pfam PF07883 Cupin_2 Domain 89 161 1.5e-07 31.7 Cupin domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926939.1
TCAATTAATAGCAATAAATCAGACATTACTGAGTTTTAATCAGAAAAAAGATGACTATGCTTGTAGTTTTATTCAGCACTCTCGCCCTCGCTTTCATAGGGGTGTCCTTCGCCTTTGATCCTACTCCCTTGCAAGATTTCTGCGTTTCAGATGTCAAAAGCCCGGGATGCAAGAGCCCGGAAAGCGTTACACCCGACGACTTCTTCTACAGCGGGATGAATTTGCCGGGCAACACGAGCAACCCGTATCGGGCCGGGCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000832
ATGACTATGCTTGTAGTTTTATTCAGCACTCTCGCCCTCGCTTTCATAGGGGTGTCCTTCGCCTTTGATCCTACTCCCTTGCAAGATTTCTGCGTTTCAGATGTCAAAAGCCCGGGATGCAAGAGCCCGGAAAGCGTTACACCCGACGACTTCTTCTACAGCGGGATGAATTTGCCGGGCAACACGAGCAACCCGTATCGGGCCGGGCTGAAAGCGGCCCGAATTCCAGGGCTGAACACTCTCGGGCTTACATTGGCCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782922.1
MTMLVVLFSTLALAFIGVSFAFDPTPLQDFCVSDVKSPGCKSPESVTPDDFFYSGMNLPGNTSNPYRAGLKAARIPGLNTLGLTLARLDFLPGGFIPPHYHPRAAEILTVLEGSMEVGFVTSYPNYKHYAKVLQKGGVFVVPVGLVHYQRGVGAANTVVLSAVNSQNAGIVEVAGGIFGAKPAINSDYLSSAFRLDKKTVEMLQSKPWS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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