Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001283`

染色体: Chr08 坐标: 10215608-10217793 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001283`
名称	SmilChr08G001283
描述	probable indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.1
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	10215608 - 10217793 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000837`
GeneID	`131000837`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000837`
原始查询	`LOC131000837`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.1
产物	probable indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.1
Arabidopsis	`AT2G14960` (GH3.1) Auxin-responsive GH3 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815985] identity=76.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0592600` (GH3-8) - identity=74.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0016881 (acid-amino acid ligase activity)
KEGG	smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF03321 (GH3); PF23571 (GH3_M); PF23572 (GH3_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000837

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057782925.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057782925.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057782925.1`
4	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057782925.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782925.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:10215982`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C31
`Chr8:10215982`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C31
`Chr8:10215993`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B36,C22,C4
`Chr8:10216224`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C75,D8
`Chr8:10216266`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B55,B74,C2
`Chr8:10216332`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B65,D5
`Chr8:10216343`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B65,C56,D5
`Chr8:10216378`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B112,B22
`Chr8:10216381`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B65,C56,D5
`Chr8:10216389`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B13,C37
`Chr8:10216390`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	7	B27,B65,B93,C40,C56,D3,D5
`Chr8:10216395`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	7	B134,B27,B65,C40,C56,D3,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782925.1

578 aa

289

578

GH3

GH3_M

GH3_C

PF03321 GH3 15-322 aa PF23571 GH3_M 350-418 aa PF23572 GH3_C 434-549 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782925.1`	Pfam	`PF03321`	GH3	Domain	15	322	1e-116	390.2	GH3 family N-terminal domain
`XP_057782925.1`	Pfam	`PF23571`	GH3_M	Domain	350	418	1.9e-29	102.2	GH3 family central domain
`XP_057782925.1`	Pfam	`PF23572`	GH3_C	Domain	434	549	1.1e-37	130.1	GH3 family C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926942.1
CACTAACTTCCTCTCTACAAATATTGCGCCACCAATGGCAATGGCACCTCACACAACTTCCAAAAACGCAAAGGCTCTTCACTTTATTGAAGAGATGACACGAAATGTAGACGCTGTACAGGAACAAGTACTCGCCCAAATCCTCTCCCAAAACTCGGGAACTGAATATCTCAAGCGTTTCCATCTCGCCGGCGCCACCGATCGCCACGCCTTTAAATCCAAAATTCCGATGATTACCTACGAAGATATCCAGCCTTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000837
ATGGCAATGGCACCTCACACAACTTCCAAAAACGCAAAGGCTCTTCACTTTATTGAAGAGATGACACGAAATGTAGACGCTGTACAGGAACAAGTACTCGCCCAAATCCTCTCCCAAAACTCGGGAACTGAATATCTCAAGCGTTTCCATCTCGCCGGCGCCACCGATCGCCACGCCTTTAAATCCAAAATTCCGATGATTACCTACGAAGATATCCAGCCTTTGATTCAGAGGATCGCTAATGGCGACCGCTCTCCGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782925.1
MAMAPHTTSKNAKALHFIEEMTRNVDAVQEQVLAQILSQNSGTEYLKRFHLAGATDRHAFKSKIPMITYEDIQPLIQRIANGDRSPILSAHPISEFLTSSGTSAGERKLMPTIGEEWDRRQLLYSLLMPVMEQYVKGLDKGKGLYFYFIKSETKTPGGLLARPVLTSYYKSDLFKTRPYDPFNVYTSPNEAILCEDSSQSMYAQMLCGLYDRQQVLRVGAVFASGLSRAIRFLQLKWKSLAHDIRTGSLNPIFTDKSLRE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器