当前解析结果
SmilChr08G001320| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001320 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001320 |
| 描述 | protein DJ-1 homolog C |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 10568051 - 10571521 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000846 |
|---|---|
| GeneID | 131000846 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000846 |
| 原始查询 | LOC131000846 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein DJ-1 homolog C |
| 产物 | protein DJ-1 homolog C |
| Arabidopsis | AT4G34020 (DJ1C)Class I glutamine amidotransferase-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829548] identity=64.6; qcov=0.852; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os05g0519600 (OsDJ-1D)- identity=61.5; qcov=0.839; evalue=2.94e-173; confidence=high |
| GO | GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0036524 (protein deglycase activity); GO:0036529 (protein deglycation, glyoxal removal); GO:0106046 (guanine deglycation, glyoxal removal) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01965 (DJ-1_PfpI) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000846 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057782949.1 |
| 2 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 0.80000 | XP_057782949.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057782949.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782949.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782949.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:10568388 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B131 |
Chr8:10568634 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B111,C32,C52,C68,C7 |
Chr8:10568698 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B53 |
Chr8:10568740 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B127,B53 |
Chr8:10568756 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B127 |
Chr8:10569030 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B111,B121,B79,D11 |
Chr8:10569054 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B26 |
Chr8:10569078 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B111,B121,B79,D11 |
Chr8:10570927 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B111,C7 |
Chr8:10570941 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B118,C49 |
Chr8:10570988 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B46,C58 |
Chr8:10570997 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A2,A9,C46 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782949.1PF01965
DJ-1_PfpI 76-240 aa
PF01965
DJ-1_PfpI 280-439 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782949.1 |
Pfam | PF01965 |
DJ-1_PfpI | Domain | 76 | 240 | 1.1e-79 | 266.7 | DJ-1/PfpI family |
XP_057782949.1 |
Pfam | PF01965 |
DJ-1_PfpI | Domain | 280 | 439 | 1.1e-79 | 266.7 | DJ-1/PfpI family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。