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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001320

染色体: Chr08 坐标: 10568051-10571521 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001320
名称SmilChr08G001320
描述protein DJ-1 homolog C
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向10568051 - 10571521 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000846
GeneID131000846
locus_tag-
NCBI NameLOC131000846
原始查询LOC131000846

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein DJ-1 homolog C
产物protein DJ-1 homolog C
ArabidopsisAT4G34020 (DJ1C)
Class I glutamine amidotransferase-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829548]
identity=64.6; qcov=0.852; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0519600 (OsDJ-1D)
-
identity=61.5; qcov=0.839; evalue=2.94e-173; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0036524 (protein deglycase activity); GO:0036529 (protein deglycation, glyoxal removal); GO:0106046 (guanine deglycation, glyoxal removal)
KEGG-
PfamPF01965 (DJ-1_PfpI)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000846

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057782949.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057782949.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782949.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782949.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782949.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:10568388 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr8:10568634 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,C32,C52,C68,C7
Chr8:10568698 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr8:10568740 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,B53
Chr8:10568756 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127
Chr8:10569030 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B121,B79,D11
Chr8:10569054 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr8:10569078 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B121,B79,D11
Chr8:10570927 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,C7
Chr8:10570941 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,C49
Chr8:10570988 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,C58
Chr8:10570997 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,A9,C46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782949.1
461 aa
N
1
230
461
DJ-1_PfpI
DJ-1_PfpI
C
PF01965 DJ-1_PfpI 76-240 aa PF01965 DJ-1_PfpI 280-439 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782949.1 Pfam PF01965 DJ-1_PfpI Domain 76 240 1.1e-79 266.7 DJ-1/PfpI family
XP_057782949.1 Pfam PF01965 DJ-1_PfpI Domain 280 439 1.1e-79 266.7 DJ-1/PfpI family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926966.1
AAAAAAATAAAAAATTAAACACGCCCGGTGGGACTCGAACCCACAATCGCCTGATTAGAAGTCAGACGCCTTATCCATTAGGCCACGGGCGCTATTGATGACTTTATGTTTAGTACCTTAAAATTTCAACTGCATTAACTAGCCATTTTTTTCCCTTGAAAAAGGTAAAAAAGAAGAACAGAGAGATTAACAATTTCAGCAAAAAAATGGCGTTGCCGTCACTAACACTGCCGCCTCTTTATCCGGTGGCTGCTCCGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000846
ATGGCGTTGCCGTCACTAACACTGCCGCCTCTTTATCCGGTGGCTGCTCCGAAGAAGCCGGCGGCCGTATACGTCGTGGTGCAATCATCAAGCTTCTCGGTTAATGGAGCAACTCGAAACTGTAAAACGCAGGAGAAACCCGTCGTTAGACGACGCTTGACAAAACCCACCGGAATTACCTTACCAACTCCCGAGACGTCATCCTCGTTTTCTTCAGTTCCTCTTAAAAAGGTTCTAGTGCCAATTGGGTTTGGGACGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782949.1
MALPSLTLPPLYPVAAPKKPAAVYVVVQSSSFSVNGATRNCKTQEKPVVRRRLTKPTGITLPTPETSSSFSSVPLKKVLVPIGFGTEEMEAVIMIDVLRRSGAHVTVASVEDQLEVEAAGGTRLVADAFISACSDQTFDLVALPGGMPGSARLRDCQVLRDITIKHAEAKRLYAAICAAPAVTLLPWGLLKRKQTTCHPAFMDKLPTFWAVKSNLQVSGELTTSRGPGTCFEFSLSLVEQLFGELVAKEIADTMLLNVAD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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