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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001292`

染色体: Chr08 坐标: 10297727-10301973 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001292`
名称	SmilChr08G001292
描述	RNA pseudouridine synthase 4, mitochondrial
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	10297727 - 10301973 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000848`
GeneID	`131000848`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000848`
原始查询	`LOC131000848`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RNA pseudouridine synthase 4, mitochondrial
产物	RNA pseudouridine synthase 4%2C mitochondrial
Arabidopsis	`AT3G19440` (AT3G19440) Pseudouridine synthase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821478] identity=55.5; qcov=0.917; evalue=1.88e-149; confidence=high
Rice	`Os08g0520100` - identity=39.5; qcov=0.93; evalue=1.62e-91; confidence=medium
GO	GO:0001522 (pseudouridine synthesis); GO:0003723 (RNA binding); GO:0009982 (pseudouridine synthase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00849 (PseudoU_synth_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000848

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057782951.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057782951.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782951.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057782951.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057782951.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:10297868`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,B101
`Chr8:10297875`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B56,B96,C85
`Chr8:10297911`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B73,C29,C3
`Chr8:10297933`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B1,B101,B108,B68,D4
`Chr8:10297934`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr8:10297937`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B121,B27,B69,C78,D5
`Chr8:10298002`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B97,C9
`Chr8:10298010`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B97,C9
`Chr8:10298047`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B99,C87
`Chr8:10298063`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,C21,C36,D6
`Chr8:10298479`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,C21,C36,D6
`Chr8:10299736`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782951.1

460 aa

230

460

PseudoU_synth_2

PF00849 PseudoU_synth_2 179-348 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782951.1`	Pfam	`PF00849`	PseudoU_synth_2	Family	179	348	6.8e-27	95.3	RNA pseudouridylate synthase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926968.1
GGGACCATTTTTTTTACTATTTTTAAGTGTACATTTTTAAGCGGAGTATGCAAAATAAAATTGGTAAAAATTATCCAAACCCTAAATCATGGCCGAGCGTCTTCTCATCCGACAAATTCTGCGCCGGTGGCAGCCAAACGCCGCCGTGCCGAGTTGCAAAATAAAATTAATAAAGGCAATTTACGAACAGCAATGTTGCTATACCGCCGGCGCCAACGGCGAGAACTATGAAAAGGAAAAGAATCATCAATGGCTGATAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000848
ATGGCCGAGCGTCTTCTCATCCGACAAATTCTGCGCCGGTGGCAGCCAAACGCCGCCGTGCCGAGTTGCAAAATAAAATTAATAAAGGCAATTTACGAACAGCAATGTTGCTATACCGCCGGCGCCAACGGCGAGAACTATGAAAAGGAAAAGAATCATCAATGGCTGATATTGCCTCCATTCACCCCCACAGCCGACGGTTCTTCAATCGGAAAAAAACTGTACGGTCGGACGGACGAAACGAATACGACGGCGCTTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782951.1
MAERLLIRQILRRWQPNAAVPSCKIKLIKAIYEQQCCYTAGANGENYEKEKNHQWLILPPFTPTADGSSIGKKLYGRTDETNTTALKWILKCCPHLPRSLVQKLFRLRQVRKECSSDESKDQRPRRVGAKDLMDIGDRICLPKSVDEKSHPTTAENQSFSSEEERKIVQSLELYKDSAIIVINKPPGMPVQGGVGIRRSLDELAAKYLRYDYMEPPRLVHRLDRDSSGILVMGRTQLSTSVLHSVFREKTIGASNDVLGC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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