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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001359`

染色体: Chr08 坐标: 10877077-10878488 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001359`
名称	SmilChr08G001359
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At2g15980-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	10877077 - 10878488 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000897`
GeneID	`131000897`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000897`
原始查询	`LOC131000897`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At2g15980-like
产物	pentatricopeptide repeat-containing protein At2g15980-like
Arabidopsis	`AT2G15980` (AT2G15980) Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816093] identity=46.4; qcov=0.983; evalue=6.39e-66; confidence=high
Rice	`Os12g0407900` - identity=39; qcov=0.967; evalue=3.53e-53; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF23276 (TPR_24)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000897

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057783019.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	0.20000	`XP_057783019.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057783019.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057783019.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057783019.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:10877639`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B46,C14,C46
`Chr8:10877748`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B46,C46
`Chr8:10877873`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B30,C36
`Chr8:10877971`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B11,B30,B94,C4
`Chr8:10878018`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C46
`Chr8:10878169`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B3,C57
`Chr8:10878172`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B126,B41
`Chr8:10878194`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B16,B93,C29

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783019.1

239 aa

120

239

PPR_1

PPR_2

PPR

PPR_3

PPR_1

PPR_2

PPR

TPR_24

PPR_3

PPR

PPR_2

PPR

PF12854 PPR_1 24-56 aa PF13041 PPR_2 27-64 aa PF01535 PPR 30-60 aa PF13812 PPR_3 50-109 aa PF12854 PPR_1 58-91 aa PF13041 PPR_2 63-110 aa PF01535 PPR 65-95 aa PF23276 TPR_24 76-148 aa PF13812 PPR_3 86-144 aa PF01535 PPR 100-129 aa PF13041 PPR_2 100-145 aa PF13041 PPR_2 173-215 aa PF01535 PPR 175-201 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057783019.1`	Pfam	`PF12854`	PPR_1	Repeat	24	56	3.8e-40	136.0	PPR repeat
`XP_057783019.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	27	64	6.6e-48	161.3	PPR repeat family
`XP_057783019.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	30	60	5.9e-33	111.5	PPR repeat
`XP_057783019.1`	Pfam	`PF13812`	PPR_3	Repeat	50	109	6e-23	81.4	Pentatricopeptide repeat domain
`XP_057783019.1`	Pfam	`PF12854`	PPR_1	Repeat	58	91	3.8e-40	136.0	PPR repeat
`XP_057783019.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	63	110	6.6e-48	161.3	PPR repeat family
`XP_057783019.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	65	95	5.9e-33	111.5	PPR repeat
`XP_057783019.1`	Pfam	`PF23276`	TPR_24	Repeat	76	148	5.7e-14	52.9	Pentatricopeptide repeat-containing protein
`XP_057783019.1`	Pfam	`PF13812`	PPR_3	Repeat	86	144	6e-23	81.4	Pentatricopeptide repeat domain
`XP_057783019.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	100	129	5.9e-33	111.5	PPR repeat
`XP_057783019.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	100	145	6.6e-48	161.3	PPR repeat family
`XP_057783019.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	173	215	6.6e-48	161.3	PPR repeat family
`XP_057783019.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	175	201	5.9e-33	111.5	PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927036.1
CACCCCATCTCAATTCTCTCAAGTCGCCCTTCAATTGCGCAACAACCCGCATCTCGTCCTCCGCTTCTTCCACTTCACCCTCCAACACTCTCTCACCTCTCATTCCCCCTCCTCCTACGCCACCGCCATTCACATTCTCTCTCGCTCTAGGCTCAAGCTCCACGCCCTCAACCTAATTAAATCAGCCATAGTTGCCTTCTCCGATGCTCAGCCGGGAAGCGCTATTGTACTTCTCGAGGCACTGGTAAAAGCTTACAGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000897
ATGGTTGGTTTCTACCGGGAGGGGATGGTGGATAAGGTGGAGGAGGTGTGGCAAGAGCATGTGAGAGTTGGTTGTGTGCCAAATATGTATAGTTTTAATGTGTTGATGGCTACATATTGTGATCACGGACGAATGGAGGATGCAATTAGAGTATGGGAGGAAATGGAGGATAAAGGTTTAAAGCGCGATGCAGTAGCATATAACACCATTATTGGAGGGTTTTGCAGAGCAGGAGATGTTGAGAGAGCAGAGGAGATATA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057783019.1
MVGFYREGMVDKVEEVWQEHVRVGCVPNMYSFNVLMATYCDHGRMEDAIRVWEEMEDKGLKRDAVAYNTIIGGFCRAGDVERAEEIYREMVMQGVESTCVTFEYLINGYCEIGDVDSVMMLYKNMCRKKFSPSSSTVNVIIRLLCGKNEISAASDFWWRAAKKHEAALERENYENLVKGLCGEGKMEEALKLQAEMVVKGFEPNVGIYGAFIDGYDKLGNEAMASKLRKEMLDKETLSE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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