当前解析结果
SmilChr08G001288| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001288 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001288 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G001288 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 10269255 - 10270153 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000903 |
|---|---|
| GeneID | 131000903 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000903 |
| 原始查询 | LOC131000903 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Plant basic secretory protein (BSP) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816011]; symbol=AT2G15220; hit=AT2G15220; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | Plant basic secretory protein (BSP) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816011]; symbol=AT2G15220; hit=AT2G15220; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT2G15220 (AT2G15220)Plant basic secretory protein (BSP) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816011] identity=58.6; qcov=0.991; evalue=8.93e-97; confidence=high |
| Rice | Os10g0490900- identity=62.6; qcov=0.835; evalue=4.27e-83; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04450 (BSP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000903 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell wall | 细胞壁 | 0.60000 | XP_057783028.1 |
| 2 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.60000 | XP_057783028.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057783028.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057783028.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057783028.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:10269267 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:10269417 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,B136 |
Chr8:10269550 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B118,C49 |
Chr8:10269979 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B103,B104,B16,C10,C81 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783028.1PF04450
BSP 21-219 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783028.1 |
Pfam | PF04450 |
BSP | Family | 21 | 219 | 4.3e-78 | 262.6 | Peptidase of plants and bacteria |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。