当前解析结果
SmilChr08G001399| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001399 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001399 |
| 描述 | cyclase-associated protein 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 11208532 - 11211998 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131000950 |
|---|---|
| GeneID | 131000950 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000950 |
| 原始查询 | LOC131000950 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cyclase-associated protein 1-like |
| 产物 | cyclase-associated protein 1-like |
| Arabidopsis | AT4G34490 (CAP1)cyclase associated protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829600] identity=63.9; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0722600- identity=56.2; qcov=1.08; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0003779 (actin binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0007010 (cytoskeleton organization); GO:0008179 (adenylate cyclase binding); GO:0019933 (GO:0019933); GO:0045761 (regulation of adenylate cyclase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01213 (CAP_N-CM); PF08603 (CAP_C); PF21938 (CAP_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000950 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057783085.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057783085.1 |
| 3 | Cytoskeleton | 细胞骨架 | 0.60000 | XP_057783085.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057783085.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057783085.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:11209297 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A2 |
Chr8:11209610 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A24,B76 |
Chr8:11209920 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A2 |
Chr8:11211806 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B15,B2,C15 |
Chr8:11211824 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B90,B92 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783085.1PF01213
CAP_N-CM 3-23 aa
PF21938
CAP_N 44-206 aa
PF08603
CAP_C 297-453 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783085.1 |
Pfam | PF01213 |
CAP_N-CM | Motif | 3 | 23 | 5.5e-05 | 24.1 | CAP N-terminal conserved motif |
XP_057783085.1 |
Pfam | PF21938 |
CAP_N | Domain | 44 | 206 | 8.8e-35 | 120.8 | CAP, N-terminal domain |
XP_057783085.1 |
Pfam | PF08603 |
CAP_C | Family | 297 | 453 | 2.8e-59 | 199.9 | Adenylate cyclase associated (CAP) C terminal |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。