当前解析结果
SmilChr08G001420| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001420 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001420 |
| 描述 | BURP domain-containing protein BNM2C-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 11364616 - 11365890 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000966 |
|---|---|
| GeneID | 131000966 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000966 |
| 原始查询 | LOC131000966 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | BURP domain-containing protein BNM2C-like |
| 产物 | BURP domain-containing protein BNM2C-like |
| Arabidopsis | AT1G49320 (USPL1)- identity=41.6; qcov=0.865; evalue=3.7e-58; confidence=medium |
| Rice | Os01g0733500 (RD22)- identity=43.8; qcov=0.847; evalue=1.2e-57; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03181 (BURP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000966 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 1.00000 | XP_057783100.1 |
| 2 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.20000 | XP_057783100.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057783100.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057783100.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057783100.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:11364862 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B18,B19,B40,B95,C73 |
Chr8:11364871 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B18,B40,B95,C53 |
Chr8:11365415 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B15,B2,C15 |
Chr8:11365463 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
Chr8:11365489 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B60 |
Chr8:11365664 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C68 |
Chr8:11365664 |
CT |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C68 |
Chr8:11365666 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C68 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783100.1PF03181
BURP 48-268 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783100.1 |
Pfam | PF03181 |
BURP | Family | 48 | 268 | 7.3e-77 | 258.5 | BURP domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。