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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001424

染色体: Chr08 坐标: 11402494-11408522 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001424
名称SmilChr08G001424
描述phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH6-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向11402494 - 11408522 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000968
GeneID131000968
locus_tag-
NCBI NameLOC131000968
原始查询LOC131000968

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH6-like
产物phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH6-like
ArabidopsisAT2G21520 (AT2G21520)
Sec14p-like phosphatidylinositol transfer family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816691]
identity=69.9; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0545000 (OsSNDP6)
-
identity=58.6; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00650 (CRAL_TRIO); PF03765 (CRAL_TRIO_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000968

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057783103.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057783103.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057783103.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783103.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783103.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:11403624 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B3,B63,C51,C52,C57
Chr8:11403762 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C82
Chr8:11406529 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783103.1
615 aa
N
1
308
615
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 103-130 aa PF00650 CRAL_TRIO 158-320 aa
XP_057783104.1
615 aa
N
1
308
615
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 103-130 aa PF00650 CRAL_TRIO 158-320 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783103.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 103 130 3.9e-05 24.4 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057783103.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 158 320 5.5e-31 108.2 CRAL/TRIO domain
XP_057783104.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 103 130 3.9e-05 24.4 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057783104.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 158 320 5.5e-31 108.2 CRAL/TRIO domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927121.1
AGATTCCCCCGTCTCCTCCGAACTTTTGGCAGCGAGCAGGCGAACATTCCTCACCCCTCCTCCTGCTGCCACGTGTACTGGGCCCCACACCCCGCATTTAATATTTTTCCTCCCTAATTCCTCGCCCCCTCAAAAAATCGCCGACACCCTAAAATTATCCGGCGATAAATACACCTATTTTCCTTTTTATTTTAAATGACACTATATAATTATTCTCTCTCCGAAACGCTCCCCTTTCTCTCTCTCGCTCTGTGCCTGCA...
XM_057927120.1
CGCCGACACCCTAAAATTATCCGGCGATAAATACACCTATTTTCCTTTTTATTTTAAATGACACTATATAATTATTCTCTCTCCGAAACGCTCCCCTTTCTCTCTCTCGCTCTGTGCCTGCATTAACTACTTGCCGTTACAGATTTTACTGCATTTATTACCGTGCGATCATCCTCGTGATTCGCCCCAGTACTTTCTCCAGCTGATTGGAGGTGGGTTTTTCAGTGCGGTGATGTTTGGTTAATCGATCGATAAACTTA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131000968
ATGTCGGGTCCCTTGGATAGATTTGCCAGGCCATGCTTCGAGGGTTTTTCCGGTAATGAGGAGAGAAGAGAAAGAAAGTCCGATTTTGAGATTTCCGAGGATGAAAGGAGGACTAAAATTGGTTCTTTGAAGAAGAAAGCACTTAATGCATCTTCAAAGTTCAAGCATTCTCTCAAGAAAAAGAGTGGTAGAAGAAAGAGCGATGGTCGAGTCAGTTCCGTTTCAATTGAAGATATCCGGGATGCCGAGCACCTGCAAGC...
LOC131000968
ATGTCGGGTCCCTTGGATAGATTTGCCAGGCCATGCTTCGAGGGTTTTTCCGGTAATGAGGAGAGAAGAGAAAGAAAGTCCGATTTTGAGATTTCCGAGGATGAAAGGAGGACTAAAATTGGTTCTTTGAAGAAGAAAGCACTTAATGCATCTTCAAAGTTCAAGCATTCTCTCAAGAAAAAGAGTGGTAGAAGAAAGAGCGATGGTCGAGTCAGTTCCGTTTCAATTGAAGATATCCGGGATGCCGAGCACCTGCAAGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057783103.1
MSGPLDRFARPCFEGFSGNEERRERKSDFEISEDERRTKIGSLKKKALNASSKFKHSLKKKSGRRKSDGRVSSVSIEDIRDAEHLQAVESFRQALILEELLPEKFDDYHMMLRFLKARKFDIEKSKLMWADMIQWRKEFGTDTIMEDFEFKEFNEVMKYYPHGYHGVDKEGRPVYIERLGKVEPYKLLQVTTMDRYIRYHVREFEKCFAIKFPACTIAAKRHIDSSTTILDVHGVGLKNFTKSARDLIMRLQKIDGDNYP...
XP_057783104.1
MSGPLDRFARPCFEGFSGNEERRERKSDFEISEDERRTKIGSLKKKALNASSKFKHSLKKKSGRRKSDGRVSSVSIEDIRDAEHLQAVESFRQALILEELLPEKFDDYHMMLRFLKARKFDIEKSKLMWADMIQWRKEFGTDTIMEDFEFKEFNEVMKYYPHGYHGVDKEGRPVYIERLGKVEPYKLLQVTTMDRYIRYHVREFEKCFAIKFPACTIAAKRHIDSSTTILDVHGVGLKNFTKSARDLIMRLQKIDGDNYP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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