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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001459

染色体: Chr08 坐标: 11752300-11753948 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001459
名称SmilChr08G001459
描述proline-rich protein 4-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向11752300 - 11753948 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001007
GeneID131001007
locus_tag-
NCBI NameLOC131001007
原始查询LOC131001007

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述proline-rich protein 4-like
产物proline-rich protein 4-like
ArabidopsisAT2G21140 (PRP2)
proline-rich protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816649]
identity=37.8; qcov=0.784; evalue=7.24e-28; confidence=medium
RiceOs03g0245200
-
identity=31.5; qcov=0.55; evalue=6.74e-19; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001007

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell wall 细胞壁 0.60000 XP_057783151.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.60000 XP_057783151.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057783151.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783151.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783151.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:11752708 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 6 A22,B41,B50,C53,C86,D4
Chr8:11752755 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B68,B70
Chr8:11752855 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,C21,C36
Chr8:11752926 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 9 B16,B56,B96,C44,C54,C59,C6,C84,D4
Chr8:11753187 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B19,B30,C28,C66
Chr8:11753211 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 3 B67,B7,C33
Chr8:11753211 G GC 1bp_insertion CDS_variant 3 B67,B7,C33
Chr8:11753229 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr8:11753394 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B2
Chr8:11753394 CG C 1bp_deletion CDS_variant 1 B2
Chr8:11753460 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr8:11753503 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927168.1
ATCAATCAACTCAATATATTAGTGAGTAGCGAAATCTTTTGTGTTTATAAATATTCATATTTAATTAGCAGATTAATTATTCCAATGAGGGTTCATTCCCTTATTTTAGGTTTTGTGTTGCTGTGTTTGCTCAGCTTCTGCAATGCAGACCTCAAAACATTTGATATTGTGGGAGTTGCACATTGCGCTGATTGCCAACTAAACAACTTCAACCCTACCCACGCATTTTCAGGTCTTCATGTAACAATCGACTGTAAGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001007
ATGAGGGTTCATTCCCTTATTTTAGGTTTTGTGTTGCTGTGTTTGCTCAGCTTCTGCAATGCAGACCTCAAAACATTTGATATTGTGGGAGTTGCACATTGCGCTGATTGCCAACTAAACAACTTCAACCCTACCCACGCATTTTCAGGTCTTCATGTAACAATCGACTGTAAGCTGGAGAAAGAGATGAAAAGAGTCGGCGAGGGCGAGCTAGACGGTGACGGCAAATTCAAAATCTCACTTCCCAAAGCAATGATCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783151.1
MRVHSLILGFVLLCLLSFCNADLKTFDIVGVAHCADCQLNNFNPTHAFSGLHVTIDCKLEKEMKRVGEGELDGDGKFKISLPKAMIGDVKKNCYAQLHSAAAAPCPAHGGLEATEIVLKSEMEEKITFSPAKTLRFSTALCTSKFLWPLFQYPPLPKADPWKKVWPKITIPPLKKHHWSLSPIYKPKPKPKPKVVKTLPPVPTYKPKPKPFPPPVPIYKPKPKSKPFLPPVPIYKPKPKPKPLPPPVPVYKPKPKLKPFL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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