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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001471

染色体: Chr08 坐标: 11861996-11862617 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001471
名称SmilChr08G001471
描述uncharacterized SmilChr08G001471
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向11861996 - 11862617 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001020
GeneID131001020
locus_tag-
NCBI NameLOC131001020
原始查询LOC131001020

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001020

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057783168.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057783168.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783168.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783168.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057783168.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:11862129 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 103 A1,A10,A11,A15,A16,A19,A2,A20,A23,B1,B101,B102,B104,B109,B11,B110,B112,B119,B120,B121,B123,B128,B129,B131,B133,B134,B136,B137,B16,B17,B2,B20,B24,B26,B3,B35,B36,B37,B41,B43,B44,B5,B50,B56,B58,B59,B6,B62,B65,B66,B76,B77,B79,B80,B81,B83,B85,B86,B87,B88,B9,B91,B93,B94,B96,B99,C11,C14,C20,C22,C27,C32,C34,C36,C40,C43,C44,C45,C46,C48,C50,C53,C54,C56,C57,C60,C61,C64,C66,C67,C68,C72,C74,C75,C79,C8,C80,C81,C82,C87,D2,D4,D7
Chr8:11862191 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr8:11862558 C CGT 2bp_insertion frameshift_variant 27 A1,A21,A8,B124,B128,B14,B17,B18,B27,B28,B34,B46,B57,B78,C16,C19,C29,C32,C42,C50,C52,C61,C68,C74,C75,C8,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927185.1
AGTGGGGCGGCAATGGAAAGGGACTCGCTGCAGAAGAAGCCGGGGTTGCTGCGGTGGAGGACCTCAAAGATATGGAGAGGGAAGGCGTGGAGGTCGAGGGACATAACCACCAGGACAATGATGGATAGGGAGGATGAATTTGTCGAGCTCTACCATGGACACCATTCTGGATATAGTTTGCAACACGAAAGTGATGTCAACAACAATGACCAATATTTCACCAAAGTAACTGTTATTACTTTGCAACTTGCAGGACGATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001020
ATGGAAAGGGACTCGCTGCAGAAGAAGCCGGGGTTGCTGCGGTGGAGGACCTCAAAGATATGGAGAGGGAAGGCGTGGAGGTCGAGGGACATAACCACCAGGACAATGATGGATAGGGAGGATGAATTTGTCGAGCTCTACCATGGACACCATTCTGGATATAGTTTGCAACACGAAAGTGATGTCAACAACAATGACCAATATTTCACCAAAGTAACTGTTATTACTTTGCAACTTGCAGGACGATTAGATGGTAGCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783168.1
MERDSLQKKPGLLRWRTSKIWRGKAWRSRDITTRTMMDREDEFVELYHGHHSGYSLQHESDVNNNDQYFTKVTVITLQLAGRLDGSFVYSFSFLSFKLCYLQNDF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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