Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G001483`

染色体: Chr08 坐标: 11952984-11954855 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G001483`
名称	SmilChr08G001483
描述	uncharacterized SmilChr08G001483
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	11952984 - 11954855 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001032`
GeneID	`131001032`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001032`
原始查询	`LOC131001032`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os04g0590366; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os04g0590366; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os04g0590366` - identity=31.9; qcov=0.498; evalue=6.52e-21; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001032

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057783185.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057783185.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057783185.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057783185.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057783185.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:11953242`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr8:11953268`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35
`Chr8:11953273`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35
`Chr8:11953296`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B106,B115,B118,B36,B82
`Chr8:11953301`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,C35
`Chr8:11953317`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A4
`Chr8:11953325`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,A25,C35
`Chr8:11953338`	`A`	`ACC`	2bp_insertion	frameshift_variant	5	A14,B126,C33,C71,D4
`Chr8:11953338`	`A`	`ACC`	2bp_insertion	CDS_variant	5	A14,B126,C33,C71,D4
`Chr8:11953378`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	8	B113,B12,C29,C50,C6,C72,D2,D5
`Chr8:11953423`	`C`	`CAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	112	A1,A13,A15,A16,A19,A2,A21,A22,A4,A6,A7,A8,B1,B10,B101,B106,B109,B110,B112,B113,B115,B122,B125,B126,B127,B131,B132,B135,B136,B137,B139,B140,B16,B18,B2,B20,B22,B25,B3,B30,B32,B33,B35,B37,B38,B4,B46,B49,B54,B56,B57,B58,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B69,B70,B71,B73,B78,B79,B81,B83,B84,B86,B89,B91,B93,B94,B95,B96,B98,C13,C2,C20,C27,C29,C3,C30,C31,C37,C4,C43,C50,C51,C52,C54,C57,C59,C6,C61,C62,C64,C66,C7,C72,C76,C79,C8,C81,C82,C83,D10,D2,D3,D6,D7,D8,D9
`Chr8:11953465`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057927202.1
AAATAATTTCCGCCAGCAGCAGAAATTGTAGAACTAAAATCTTCCTGCGATAGATTCTTTGTAGAGGGTAGTACAACATGATATTCAAAGCCTTCGAGAGTGATAATCCGACCCTTGCAACTTGACTGATACTTTCTTTTCCCTTGGAGGTTCATAGCGTCGTCGTAAGAAATCCGTCAACACCATGAGTGCATTCAATCAAGCCTCGCCACGTGATGAAACAGGCCGTGGCAAATCCAAGAAATCCGACAAGACTAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001032
ATGAGTGCATTCAATCAAGCCTCGCCACGTGATGAAACAGGCCGTGGCAAATCCAAGAAATCCGACAAGACTAGAAGAAGCTGGTCAGTGAGGGAAGAAGAGGTTCTTCTCGCTGCTTTGAAGGAGCTCGTTGTGCAGGGCTGGAAGTCCGACAATGGCTTCCGAGCTGGTTATCTAGGAAAGCTTGAGGATGCTATTAAGAATGTGTTTCCAGGAACGGACCTAAAGGGCATGCCTCACATTCATTCAAAAATAAGCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057783185.1
MSAFNQASPRDETGRGKSKKSDKTRRSWSVREEEVLLAALKELVVQGWKSDNGFRAGYLGKLEDAIKNVFPGTDLKGMPHIHSKISIWKRNYGSLTTILGKSGIGFNVDGKYMIDCDDDQWDLIVKNDRNAAGMRKKSWYYLEDWKEIFGTDRANGAEAEDVADAIYEMNEGDNFDNDGTQGDDNVQFEEETENETADDSVCQPSKNVGAARSGSKKRKAKDGVDVLVEVLGEISKNADKRVDTIASRIGYKQDLSKARK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器