同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001499

染色体: Chr08 坐标: 12148669-12149593 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001499
名称SmilChr08G001499
描述dirigent protein 22-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向12148669 - 12149593 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001046
GeneID131001046
locus_tag-
NCBI NameLOC131001046
原始查询LOC131001046

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述dirigent protein 22-like
产物dirigent protein 22-like
ArabidopsisAT1G22900 (AT1G22900)
Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838897]
identity=39.2; qcov=0.93; evalue=2.0e-41; confidence=medium
RiceOs11g0178800
-
identity=46.83; qcov=0.674; evalue=3.24e-35; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF03018 (Dirigent)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001046

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057783200.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057783200.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:12148819 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr8:12148871 G GGC 2bp_insertion frameshift_variant 17 A16,B102,B105,B11,B111,B41,B44,B50,B68,B69,C1,C52,C53,C7,C86,D2,D4
Chr8:12148883 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D3,D7
Chr8:12149105 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr8:12149136 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr8:12149170 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr8:12149174 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783200.1
187 aa
N
1
94
187
Dirigent
C
PF03018 Dirigent 32-175 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783200.1 Pfam PF03018 Dirigent Family 32 175 3.3e-43 147.7 Dirigent-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927217.1
CAAAAAAAAAAAAGGCGATGGAAAAGCTTAATACTGTAATTGTAATTATATGCATATCATCGTTGCTGTTGGCCGTGTCGGAATCAAAAGCAAGCCATGGAAAGAAGAAGGTGACGCGGCTCCAATTCTACCTCCACGACATGATCGGGGGCGAGAAACCGACGGTTTGGGCGGTGGCGCGGTGCAACCTAAGCGACGTTCTGGCCTCCAAGTTCGGTAAGGTGTTGGTGTTGGACAACCTGGTGACGTCCGGGGCGGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001046
ATGGAAAAGCTTAATACTGTAATTGTAATTATATGCATATCATCGTTGCTGTTGGCCGTGTCGGAATCAAAAGCAAGCCATGGAAAGAAGAAGGTGACGCGGCTCCAATTCTACCTCCACGACATGATCGGGGGCGAGAAACCGACGGTTTGGGCGGTGGCGCGGTGCAACCTAAGCGACGTTCTGGCCTCCAAGTTCGGTAAGGTGTTGGTGTTGGACAACCTGGTGACGTCCGGGGCGGACATGAACTCGAGTGAGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783200.1
MEKLNTVIVIICISSLLLAVSESKASHGKKKVTRLQFYLHDMIGGEKPTVWAVARCNLSDVLASKFGKVLVLDNLVTSGADMNSSEVGRLQGTVGQADLRERALVMLLNLVFTKGEYEGSTLSIVGRNPLEQEVREVSIVGGTAAFRMATGYILTRTYFRDPARVHSVYQYNAVVYHMDRSVLSSRR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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