当前解析结果
SmilChr08G001511| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001511 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001511 |
| 描述 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 26-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 12249451 - 12250858 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131001057 |
|---|---|
| GeneID | 131001057 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001057 |
| 原始查询 | LOC131001057 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 26-like |
| 产物 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 26-like |
| Arabidopsis | AT4G38580 (FP6)farnesylated protein 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830015] identity=74.2; qcov=1; evalue=6.33e-82; confidence=high |
| Rice | Os04g0244800- identity=62.4; qcov=1.01; evalue=3.1e-67; confidence=high |
| GO | GO:0046872 (metal ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00403 (HMA) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001057 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057783218.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057783218.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057783218.1 |
| 4 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057783218.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057783218.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:12249734 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B111,B125,C53 |
Chr8:12249750 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B111,B115,B125,C53 |
Chr8:12249924 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B135,C62,C78 |
Chr8:12249954 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 8 | B105,B111,B118,B125,B132,C12,C2,C47 |
Chr8:12249972 |
C |
CAT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 8 | B105,B111,B118,B125,B35,C12,C2,C47 |
Chr8:12250008 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B121,C36,C62,D1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783218.1PF00403
HMA 34-88 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783218.1 |
Pfam | PF00403 |
HMA | Domain | 34 | 88 | 6.8e-12 | 46.3 | Heavy-metal-associated domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。