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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001511

染色体: Chr08 坐标: 12249451-12250858 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001511
名称SmilChr08G001511
描述heavy metal-associated isoprenylated plant protein 26-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向12249451 - 12250858 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001057
GeneID131001057
locus_tag-
NCBI NameLOC131001057
原始查询LOC131001057

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述heavy metal-associated isoprenylated plant protein 26-like
产物heavy metal-associated isoprenylated plant protein 26-like
ArabidopsisAT4G38580 (FP6)
farnesylated protein 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830015]
identity=74.2; qcov=1; evalue=6.33e-82; confidence=high
RiceOs04g0244800
-
identity=62.4; qcov=1.01; evalue=3.1e-67; confidence=high
GOGO:0046872 (metal ion binding)
KEGG-
PfamPF00403 (HMA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001057

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057783218.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057783218.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057783218.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057783218.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783218.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:12249734 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B125,C53
Chr8:12249750 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B115,B125,C53
Chr8:12249924 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,C62,C78
Chr8:12249954 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 8 B105,B111,B118,B125,B132,C12,C2,C47
Chr8:12249972 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 8 B105,B111,B118,B125,B35,C12,C2,C47
Chr8:12250008 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B121,C36,C62,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783218.1
155 aa
N
1
78
155
HMA
C
PF00403 HMA 34-88 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783218.1 Pfam PF00403 HMA Domain 34 88 6.8e-12 46.3 Heavy-metal-associated domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927235.1
GTGACCTTATGTAATAACGTAACATAAAGCTTAACCTCCCAAATTCAATCACAAAGCAAAAGAAGGAGGGTCCACTATTCTCTCACATTCACACATTCTTTAACAAAAGAAATCACCACTTTAGATATTTCTGTTTCTTCAATCATTCTTCTTCATACAGGACACTGGAAGTCTACGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAAGCTACTAAGTTAGCAGAAAGCTTATTTAGTGAAGAAGATCAGTGCACACATATATATATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001057
ATGGGTGTTCTTGATCATGTTTCGAACATGTTAAATTGCTCCAGCGGCCATTCCAAGCATCATAAGAAACGCAAACAGCTTCAGACAGTAGAGATGAAGATCAAGATAGACTGTGAAGGATGTGAGAGAAAGGTGAGAAGGTCTGTGGAAGGAATGAAAGGCGTGACATCAATAGACATATCACCGAAGCAGAACAAGCTGACGGTGACCGGCTACGTGGTGCCGGAGAAGGTGGTGGCGCGTGTGGCTCACCGCACGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783218.1
MGVLDHVSNMLNCSSGHSKHHKKRKQLQTVEMKIKIDCEGCERKVRRSVEGMKGVTSIDISPKQNKLTVTGYVVPEKVVARVAHRTGKKTELWPYVPYDEVEHPYASGVYDKRAPAGYVRYGSDAQVSHLGRASSIEVRYATAFSDENPAACAVM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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