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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001524

染色体: Chr08 坐标: 12396065-12398819 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001524
名称SmilChr08G001524
描述uncharacterized SmilChr08G001524
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向12396065 - 12398819 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001069
GeneID131001069
locus_tag-
NCBI NameLOC131001069
原始查询LOC131001069

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001069

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057783241.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057783241.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057783241.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783241.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783241.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:12396294 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29
Chr8:12396297 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:12396340 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,C21,C36
Chr8:12396345 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B100,B19,B30,C64,C66
Chr8:12396353 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,C21,C36
Chr8:12396355 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 7 A20,B112,B124,B82,C19,C20,C48
Chr8:12396363 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr8:12396366 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B103,B61,C23
Chr8:12396366 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B103,B61,C23
Chr8:12396385 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:12396398 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B119,B64,C10,C38
Chr8:12396411 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927258.1
TCTCTCTTGCTCTCTATTTCTCTCTCTTCAAATTTGGGGAGACTTCATCAGAAACCCTAGTTTCTGCCTCCTTCAAGGGGCGCCGCGTCCCTTTGCACCGATCTCCACCGTGCGCCGTCCATTTCCACCTATTCTCCATCGTTTTTGCATTCTTTGCACCCATCTTCACCGACTCTCCGTTTTTCATTGTGCCGCGATGACGAAAACTCAGTGGGCCGGTTACCTGAGCGGCGAGTTCGTCCATGACACTGAAGATCCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001069
ATGACGAAAACTCAGTGGGCCGGTTACCTGAGCGGCGAGTTCGTCCATGACACTGAAGATCCGTGCAATTGGGGCTCACCGTCGGAATTCCCGTCATTTTTTCCTCAGGCGGAATTCCCATCTTCGTGGCCTTCACTGATGTCTGGAGACGCCTCTGTCGGGCTGCCTTCACTGGAAGCCACGTGTGGAGATGGATTTGCTCCGCCCTCACTCTTGGAAGAGGCGGCTCATGTGGCTAGGCGCACGATCTACCGTCGCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783241.1
MTKTQWAGYLSGEFVHDTEDPCNWGSPSEFPSFFPQAEFPSSWPSLMSGDASVGLPSLEATCGDGFAPPSLLEEAAHVARRTIYRRPSKIHESWADVLDLNGCSITHRRILPCLRSCCRCHFGPKSTHGPS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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